問題タブ [bioconductor]

Ubuntu 10.04 に xcms をインストールしようとすると、依存関係の問題が発生し続けます。現在のタックでは、ソースから xcms をインストールしています。

トレースは次のとおりです。

そこで、mzR のインストール方法を見つけようと、しばらくの間ググってみました。

Rを開いて使用しようとしました：

ソース("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("mzR")

これでわかります：Rバージョン2.10.1、biocinstallバージョン2.5.11を使用。Bioconductor バージョン 2.5 パッケージをインストールしています: [1] "mzR" お待ちください...

install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, ...) の警告: 引数 'lib' がありません: '/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10' を使用しています 警告メッセージ: getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) 内: パッケージ 'mzR' は利用できません

手がかりはありますか？

I recently updated R, and code I had written using the limma package before now returns an error.

The code was

With the new version of R, the following command

returns this error message...

各行と列が黒い線で区切られた単純なヒートマップを生成しようとしています。ただし、何らかの理由で、これは最初と最後の色でのみ発生します。コマンドの中央の色には、colorpanel() を使用してプロットしたときに削除したい水平線と垂直線が追加されてheatmap.2()います。これらの行が表示される理由について何か提案はありますか？

私が得るプロットへのリンク：https ：//dl.dropbox.com/u/8900971/heatmap.png

Dependsを管理し、説明ファイルの提案とインポートを行います。最後に、パッケージをに送信しますCRAN。CRANただし、パッケージのインストール中は、パッケージ用ではなく、下に保管されているパッケージのみがインストールされbioconductorます。さらに、Mac OSのパッケージ依存関係エラーがあります：MacOS のログを確認してください

何が問題なのか？どうすれば修正できますか？

敬具、

私は GenomicRanges を使用して、ある実験の転写物が他の実験の転写物と重複するものを見つけています。

私が見つけようとしているのは、ソリューション データ フレーム内のヒット間の重複セグメントの幅ですが、取得できる唯一の幅は、重複手順の前の元のトランスクリプトに関連しています。

助けていただけませんか？

bioconductor をダウンロードし、正常にインストールされたパッケージ (「limma」) をインストールしようとしましたが、bioconductor を更新しようとすると、無効なコンパイラ オプションに関連するエラーが発生し続けます。これは gcc に固有のようで、gfortran パッケージは問題なくインストールされます。

出力は次のとおりです。

Linux fedora 3.6.8-2.fc17.x86_64 gcc-4.7.2-2.fc17.x86_64 R 2.15.2 ただし、/usr/bin に表示されるのは gcc34 だけなので、正確にはわかりません。パッケージ data.tables を除くすべてのディレクトリにインストールするアクセス権がないため、R を sudo で開始する必要があります。

差次的に発現する遺伝子をランク付けして取得するためのBioconductorRankProductパッケージに精通している人はいないでしょうか。ソフトウェアに関するいくつかの情報は、次の紙、マニュアル、ドキュメントです。

プログラムの使用中に問題が発生しました。おそらくR言語の知識がほとんどないためです。上記のPDFファイルの手順を自分のデータで複製しようとしました。私自身のデータセットは例のようにafffy.celファイルにはありませんでしたが、タブ区切りファイルの行と列としてのみありました。私には2つの条件があります（それぞれ1と2、複製= 4）

これが私のコードです：

私はコードを実行しましたが、一方の条件と他方の条件で差次的に発現する遺伝子の倍率変化は、0または無限大のいずれかでした。このプログラムの経験がある人なら誰でも助けてくれるのではないかと思います。

biomaRtを使用して90kを超えるプローブIDのリストを遺伝子シンボルに変換しようとしていますが、問題が発生しています。getBM関数を使用すると、対応する遺伝子シンボルが22kしかないことがわかりますが、出力は長さ22kのベクトルであり、最初のプローブIDリストへの対応を確認できません。getBMlistを使用すると、一致しないプローブに指定されたna値を含む出力を取得できますが、この関数は、getBMlistが大きなリスト用ではないという警告メッセージを表示します。90kの遺伝子シンボルとna値の出力を取得するにはどうすればよいですか？

ガウラフ・パンディ

コマンドを使用しました

そしてそれは最初はうまくいきました。しかし、ターミナルでそれを再起動すると、次のエラーが表示されました.-

この問題の解決方法ヘルプ、、、

ユーザーから提供された一連の遺伝子から、強化された GO 用語のリストを導き出そうとしています。私が理解し、実装している方法は次のとおりです。

私の入力は、約 500 の遺伝子で構成される csv ファイルです。

この後、次のエラーが表示されます。

どこが間違っているのか教えてください。式の値がありませんが、これに TopGO を使用するのは正しいですか。