問題タブ [bioconductor]

ExpressionSetサブセット化したいオブジェクトがあります。例えば、

サブセットを抽出したいSTATUS==0. 私はもう試した：

しかし、それは機能しません。

次のように ExpressionSet をサブセット化することは可能ですか?

SUB=ESet[,ESet@phenoData@data$x==c(0,1)]

X には 0 ～ 9 の値があり、x=0 または x=1 の場合のエントリが必要です。

10 の表現型のうちの 1 つにエントリがない ESet からすべてのサンプルを除外しようとしています。

50 個のサンプルと 10 個の表現型を持つ ESet があります。サンプル A は Phenotype 1 で NA を持ち、Phenotype 3 でサンプル B を持っています。そのため、私の ESet で A と B を削除したいと思います。

試してみます: apply(ESest@pData@data,1,function(i){if(is.na(i)){???}}

申し訳ありませんが、わかりません;(

遺伝子発現データを含む affyBatch オブジェクトがあります。データはオプションなしで dat <- ReadAffy() を使用して読み込まれます。次に、使用したい 5600 個の遺伝子を抽出します。dat <- RemoveProbes(listOutProbeSets, cdfpackagename, probepackagename)

次に、dat.rma <- rma(dat) を使用して発現データを正規化します。

ここで、生データと rma 正規化データを .csv ファイルにエクスポートしたいと考えています。データを調べると、exprs(dat) のサイズが 226576 x 30 で、dat.rma のサイズが 5600 x 30 であることがわかりました。RAW 式の値の 5600 x 30 のマトリックスを抽出するにはどうすればよいですか? 生データの 226576 行がどこから来たのかわかりません!

私は生体伝導体データ構造の初心者です! 実行可能なサンプル コードを提供できなくて申し訳ありません。この場合、どうすればよいかわかりません。

Rpy2を使用してBioconductorで古典的な遺伝子発現の例を実行する方法を模索していますが、最初は行き詰まっています。データをどのようにロードしますか？Rでは次のことを行います。

Pythonでは次のことを行います。

Pythonと同等の方法：

拡張機能のドキュメントにパッケージデータが読み込まれる例はありません。signature "character"私はこれがそれである可能性があると思いましたが、データはに供給されたときに持っているので、適切なクラスではないようですfeatureNames：

更新：私は今それを持っていると思います：

まず、Rを使用してプログラミングを始めたばかりです。データの式セットを作成できません。アッセイデータとフェノデータを組み合わせて式セットを作成しようとすると、エラーが発生します。

validObject（.Object）のエラー："無効なクラス"" ExpressionSet" "オブジェクト：sampleNamesがassayDataとphenoDataで異なります"

サンプルデータ、作成したphenodataテーブル、Rプログラムをご覧ください。これを機能させるには、phenodataを変更する必要があると思います。

これを解決し、表現型データを変更する方法を教えてください。

私のコード：

validObject（.Object）のエラー："無効なクラス"" ExpressionSet" "オブジェクト：sampleNamesがassayDataとphenoDataで異なります"

私はごく最近、必要に迫られて R を学び始めましたが、これまでのところ、とても良いと思います。しかし、私はまだ非常に初期の段階にいます。しかし、私はRでこの大きな緊急の課題に直面しており、助けていただければ幸いです. 私のプログラミングスキルは明らかにアマチュアであり、私が得ることができるどんな助けも間違いなく受け入れます. ここに行きます：

1. GEOquery パッケージを使用して GEO データベースから取得するデータセットのリスト (gdslist) を作成するには
2. gdslist 項目 (gdsid) を式データに変換します。つまり、私の分析で使用できるデータです。これには、GDS2eSet 関数が問題なく機能します。
3. クラス/レベル ファイル (.cls) を作成できるように、この変換された式データを読み込みます。たとえば、GDS3715 データセットには、インスリン抵抗性、インスリン感受性、糖尿病の 3 つのレベルがあります。場合によっては、データセットはそれほど単純です。ただし、この場合のように、表現型には 3 つのレベルがありますが、治療グループと非治療グループに分けられているため、分析目的でレベルは 6 になります。そのような場合、「エージェント」列が追加されることがよくあります。各クラス/レベルには数値 (0、1、2...) を割り当てる必要があります。これは、ほとんどの .cls ファイルの一般的な形式です。
4. Siggenes/SAM 分析 (R のパッケージでもあります) を実行するには、データセットごとに 2 つのファイルが必要です: 式ファイル (上記 2 から変換されたファイル) と付随するクラスター ファイル (3 から)。
5. 一種のループで gdslist アイテムに対してこのプロセスを実行し、指定したディレクトリにデータを保存できるようにします。

現在、ステップ 2 までしか到達できません。ステップ 3 が課題の核心だと思います...

どうぞよろしくお願いいたします。

これまでのスクリプト:

BSgenomeをインストールしましたが、動作しているようですが、ライブラリを読み込めません。次のコードはBiostringsパッケージからのものです

よろしくお願いします。これがあなたのために働くかどうか見るためにあなたのコンピュータで試すことができますか？潜在的な問題は何でしょうか。

Python、R (Bioconductor) で HMM を実装する方法についての良い文献やチュートリアルを知っていますか? (特に配列解析用)

私は、geneplotter (Bioconductor パッケージ) のインストール中にしました。Linux Mint 9 で R 2.14 を使用しています。これは名前空間が原因だと思いますが、修正方法がわかりません...

エラーは次のとおりです。

前もって感謝します、

N.