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重複の可能性：
遺伝子のリストをランダムにサンプリング

19.000個の遺伝子の宇宙から1652個の遺伝子の1000個のランダムリストを作成したいと思います。宇宙はそれほど大きくないので、交換することにしました。唯一の条件は、リストに類似の遺伝子を含めることができるということです（置換のため）が、各リストに遺伝子を複数回含めることはできません。したがって、単一のリストで一意になります。これについて何か提案はありますか？

例：宇宙=文字[1:26]

必要な出力：

次のような状況は避けたいと思います。

ユニバースはそれほど大きくないため、REPLACE =Fを設定できません。REPLACE=Tを設定すると、複製された要素がリストに表示されます...これは、分析で避けようとしていることです。

前もって感謝します

E。

パッケージlimmaは、マイクロアレイを読み取るための最良のパッケージの1つであり、最近ではRNA-seqの実験結果や、正規化、線形モデルの適合、上位の差次的発現遺伝子の検出、プロットの作成などの他のプロセスを実行するためのパッケージです。

イルミナの結果を読み取るための関数に小さな問題read.ilmn()があります。いくつかの注釈列があるとします。つまり、ENTREZ_GENE_ID、REFSEQ_IDなどです。これらの列は、後で分析するために、式の列（PROBE_ID、SYMBOL、AVG_Signal、Detection.Pval）に加えて読み取る必要があります。

これらの列の名前を、これらの列も読み取るようにこのコマンドに通知する引数として渡そうとしましたがannotation、失敗しました。最後に、コマンドでこれらの列を個別に読み取り、手動で結果とマージする必要がありました。other.columnsread.ilmn()read.ilmn()read.table()read.ilmn()

ミッションを実行するためのより良い方法はありますか？

次の形式の rma 正規化行列があります。

ここで、異なる列は 4 つの異なるタイプのプロモーターに対応し、4 つのプロモーターのそれぞれに生物学的複製があるため、合計で 8 つの列があります。

Limma パッケージを使用して、いくつかのプロモーター間で差次的に発現する遺伝子を見つけようとしました (複製を使用)。

これは私が使用したコードです：

ここで、modified は、上記の形式で入力された rma 正規化データ行列です。次のエラーが表示されます。

lmfit(design, t(M)) のエラー: 0 (非 NA) ケース

私はbiomaRtRで人間の遺伝子のensemblのhsapiensデータベースを照会するために使用しています。この関数getBMを使用して、すべての遺伝子の名前、開始位置、および停止位置を取得していますが、TSS（転写開始サイト）を取得するための適切な属性が見つかりません。と同じだと思われるからなのseqType= c("3utr", "5utr")か？

R/BioC初心者です。遺伝子の GO ベースのクラスタリングを実行しようとしています。入力は、各行の遺伝子名と GO 用語である必要があります。例：

バイオコンダクタで注釈を使用してみました:

しかし、私は別々の行で各GO用語のみを取得します:

遺伝子ごとにすべての GO 用語を取得する簡単な方法があるかもしれません。残念ながら、私はそれを見つけることができませんでした。

どんな助けでも大歓迎です。

ありがとうR

私は次の問題を抱えています：

.C（ "NetCDFOpen"、as.character（filename）、ncid = integer（1）、status = integer（1）、：Cシンボル名"NetCDFOpen"のエラーがパッケージ"xcms"のDLLにありません

このエラーをどのように取得しますか：

なぜこれが機能しないのかわかりませんが、機能するはずです。詳細については、お気軽にお問い合わせください。無料の.cdfファイルはTargetSearchDataパッケージにあります。

コード例：

xcmsRawオブジェクトから保持時間のリスト/配列を取得する簡単な方法はありますか？

サンプルコード：

したがって、たとえば、そこから情報を取得します。

また

1行削除したい：

生体伝導体パッケージ「DEXSeq」から

Excelでcsv形式の次の表があります。

私は、アップレギュレーションとダウンレギュレーションされた遺伝子のリストを取得するためにSAMを使用しています。その目的のために、上記のファイルでタスクを実行するExcelプラグインがあります。私が抱えている問題は、このデータを分析するためにRを使用する必要があることです。これは、SAMRと呼ばれるパッケージがあるためです。最初の列にある名前のアップレギュレーションとダウンレギュレーションの遺伝子のリストを取得したいのですが、まったく成功しません。マニュアルはここから入手できます：http ：//cran.r-project.org/web/packages/samr/samr.pdf 私が作成した小さなプログラムは次のとおりです。

私が置くとき

次のデータを取得しました。

しかし、私は遺伝子名が必要であり、上にある遺伝子と下にある遺伝子のリストにあるその遺伝子IDは必要ありませんか？ありがとう

dput（m）は、次の情報を表示します。

structure（list（X.1 = 1：5、X1 = c（365.1、556.1、1048.3、60.8、129.1）、X1.1 = c（293.4、584.2、763.1、51.7、107.2）、X1.2 = c（ 288.9、567.8、1074.9、51.6、230.4）、X2 = c（394.5、592.8、852.3、224、175.5）、X2.1 = c（312、471.6、826.1、248.4、250.5）、X2.2 = c（381.6 、513.1、898.3、150.7、172.4））、. Names = c（ "X.1"、 "X1"、 "X1.1"、 "X1.2"、 "X2"、 "X2.1"、 "X2 .2 "）、class =" data.frame "、row.names = c（" 1415670_at "、" 1415671_at "、" 1415672_at "、" 1415673_at "、" 1415674_a_at "））

データフレーム:

データは提示されたものです。質問: 重複した列から 1 つの行を作成したいです。例 ：