問題タブ [bioconductor]

私はBioconductorを初めて使用し、自分がやりたいことを実行できる適切なパッケージを見つけようとしています。これは、SwissProt IDを取得し、遺伝子記号を取得するか、またはその逆です。

たくさんのパッケージがあり、どれが欲しいのかわかりません。誰かが簡単に答えてくれますか？

RleViews オブジェクト (同じ長さの要素を含む) をマトリックス オブジェクトに変換するより高速な方法はありますか?

私は通常使用します

Tnx！

100 個のサンプルを持つ ExpressionSet オブジェクトがあります。

75 個のサンプルの名前のベクトルもあります (データ自体ではありません)。

eset175 個のサンプル名に従ってサブセット化 (および保存) するにはどうすればよいですか? eset1つまり、名前が にリストされていないサンプルは無視したいのですvecOf75。75 のサンプル名に対応するサンプルの一部が に含まれていない可能性があることに注意してeset1ください。したがって、

<75 を与える必要があります。

私は R を初めて使用し、3 つのグループのデータセットから miRNA の発現を分析したいと考えています。誰でも私を助けることができますか？

この場合、他のmiRNA（affyチップ上）をトップ発現遺伝子として取得しました。ここで、ヒト miRNA のみを選択したいと考えています。私を助けてください

前もって感謝します

複数の SNP を含む vcf ファイルがあり、これらの SNP が、SNP を取得した bam ファイルの読み取り全体に均等に分散されているかどうかを確認したいと考えています。具体的には、読み取り位置に SNP の数をプロットしたいと考えています。これを行うためのツールがあるかどうか、または自分でスクリプトを作成する必要があるかどうか疑問に思っています。もしそうなら、それを行うことができる R のパッケージはありますか (私は R に慣れていますが、perl の経験はあまりありません)。

IRanges パッケージは初めてで、IRange の最終値を取得するのに問題があります。start と width の値を問題なく取得できたので、少し困惑しました。大文字と小文字の区別や end のスペルはヘッダー行と一致しています。他の誰かがこれに遭遇しましたか、それとも私が間違っていることを見つけてもらえますか? ありがとうございます。

GeneR ライブラリ (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GeneR.html) をインストールしようとしています: win7 と最新の R 2.14.2 を使用しています。

インストール中のエラー:

このライブラリをインストールするには?

import.bw() (rtracklayer パッケージから) を使用して UCSC アラインビリティ トラックを R にインポートしましたが、必要な値にアクセスするのに問題があります。

例: 染色体と塩基を提供し、その位置の値を返したいとします。

私のオブジェクトは al100 と呼ばれます:

染色体と位置を指定してスコアを返す機能が欲しい。1 つまたは 2 つの値が必要な場合、これは簡単ですが、ルックアップする値が 700 万ある場合、ループは機能しません。クエリあたり 4/5 秒の場合、これは約 10 か月であり、これはオプションではありません。

たとえば、chr1、位置 10011 は値 0.002777778 を返します (x は染色体と位置のリストを含む別のオブジェクトです)

これまでに見つけた唯一の方法は、自分の位置が範囲の開始点以上かどうか、および/または範囲の終了点以下かどうかを尋ねることです。あまりよくない。

BioconductorのBiostringsパッケージのpairwiseAlignmentを使用して、単純なペアワイズDNA配列アラインメントを実行します。

出力は次のようになります。

非常に長いシーケンスの場合、出力は切り捨てられ、1行のみが表示されます。

完全な配置をテキストファイルに出力するにはどうすればよいですか？

dat ファイルからプローブを読み取り、それらをベクターに入れてから、ベクターをサブセットに入れて、より多くのデータを連結して CSV ファイルに書き込もうとしています。ここに私のコードがあります：

ただし、に到達すると：exprs(eset)[affys_vec,] -> sub.set

次のエラー メッセージが表示されます。

何か提案はありますか？

ありがとう、

pqtm