問題タブ [bioconductor]

誰かが私を助けてくれることを願っています..ここの指示に従って、メタボロミクス用のmzmatch.Rパッケージをインストールしようとしています: http://mzmatch.sourceforge.net/tutorial.mzmatch.r.php

私はRにまったく慣れていないので、この種のことをするのはこれが初めてです。まず、R の最新バージョンをダウンロードし、Mac OSX 10.7 にインストールしました。これは私が実行している R のバージョンです: R 2.15.0 GUI 1.51 Leopard ビルド 64 ビット (6148)

次に、R64.app を起動し、次のコマンドを入力して (上記のリンクの指示に従って)、パッケージとそのすべての依存関係をインストールしました。

最後のステップは常に失敗し、次のメッセージが表示されます。

これは、ライブラリ「mzR」を読み込めないためだと思ったので、次のことを試しました。

案の定、同じエラーが表示されました：

私は今かなり迷っており、何をすべきかまったくわかりません。読んでくれてありがとう ！

Bioconductor の sva パッケージを使用して代理変数分析を適用しようとしています。ビネットの例は正常に動作しますが、実際のデータで試してみると、次のように「範囲外の添え字」エラーが発生しirwsva.buildます。

すべてゼロの 453 x 100 マトリックスで呼び出されているdebug()明らかにされたそれを絞り込む試み。fast.svd(寸法 453 x 100 は、私のトレーニング セットと同じです。) これにより、V100 x 0 の a が得られます。「添え字が範囲外」エラーは、irwsva.buildにインデックスを付けようとするためVです。この動作を引き起こす何かがデータにあるはずですが、何が原因でしょうか?

考えられる回避策として、次のように呼び出しsvaてみましたmethod="two-step"。

それはうまくいきましたが、後で呼び出す必要がありますfsva。svawith を呼び出すとNULLになるため、これは失敗しmethod="two-step"ました。trainSv$pprob.b

では、私のデータはビネットのデータとどう違うのでしょうか? どちらの場合も、トレーニング データとテスト データは行列です。ビネットでは、トレーニング マトリックスは 22283 x 30 です。私の場合、それは 453 x 100 です。ビネットでは、関心のある変数 (癌) はバイナリです。私の場合、従属変数は 12 の異なる値を取ることができます。

最後の違いは重要なようです。範囲を [0, 7] に減らすとうまくいきます。

おそらく 100 個のサンプル (列) では 12 個のクラスには不十分であると考えて、293 個の列を持つ同様のデータセットを試しました。(データは同じ実験からのものですが、100 の処理ではなく 293 の個々のサンプルをプロファイルしています。)それは役に立ちませんでした:

sva を 1 回の繰り返しに制限すると、最後まで実行できますが、結果を信頼できるかどうかはわかりません。

irwsvaなぜこれが起こっているのかを十分に理解している人はいますか？自分のデータで機能させるためにできることはありますか?

Rで次のコードを実行しています：

しかし、次のエラーが発生します。

このエラーを取り除く方法を教えてください。

私は Bioconductor を使用しており、ShortRead パッケージをインストールしたいと考えています。何度も試しましたが、依存パッケージ RCurl のインストール中にエラーが発生しました。RStudio で次のエラーが発生します。

何をすればよいでしょうか？ShortRead に代わるものはありますか?

ありがとう ;）

BrachypodiumdystachionのAffymetrixチップに次のCDFファイルを使用しています。どうやら、それはAffymetrixCDF仕様のすべてのルールに従います

http://giorgilab.org/BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf

ただし、RとBioconductorパッケージmakecdfenvを使用して、そこからcustomcdf環境を作成しようとすると

library（makecdfenv）make.cdf.package（ "BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf"、species = "Brachypodium_dystachion"）

次のエラーが発生します。

CDFファイルを読み取っています。

*セグメンテーション違反をキャッチしました*アドレス0x1、原因'メモリがマップされていません'

トレースバック：1：.Call（ "readCDFfile"、as.character（file）、as.integer（3）、as.integer（compress）、PACKAGE = "makecdfenv"）2：read.cdffile（file.path（path。 Expand（cdf.path）、filename）、compress = compress）3：make.cdf.env（filename、cdf.path = cdf.path、compress = compress、return.env.only = FALSE）4：make.cdf。 package（ "BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf"、species = "Brachypodium_dystachion"）

入力CDFファイルに間違っていると思われるものはありますか？このセグメンテーション違反を解釈する方法も、特定の問題に追跡する方法もわからないため、私は完全に困惑しています。affxparser Bioconductorパッケージを使用しているときにも同様のことが起こるため、CDFフィールドに問題があるはずです（パッケージには問題がありません）。

どうもありがとう！:-)

フェデリコ

Affy ID をさらに処理するために他の標準記号に変換するのに問題があります。私が扱っているデータは、白血病データ セットです (Golub et al., 1999)。Bioconductor プロジェクトから取得した golubEsets データ セットを使用します。

このチュートリアル (http://faculty.washington.edu/kenrice/sisg/sisg-sea09-09.pdf) を試してみました

Golub データ セット内の Affy ID のほとんどがデータベースで見つからなかったため、これは多くのエラーを生成します。特にこのデータ セットでは、標準的な記号 (HUGO?) をどこで見つけることができますか? さらなる分析を行うために必要だからです。

ありがとうございました！

私は可能性をスキャンしようとしてSNPsおりindels、足場を参照ゲノムのサブシーケンスに整列させています。(生の読み取りは利用できません)。R/bioconductorBiostrings パッケージの「pairwiseAlignment」関数を使用しています。これは小さなスキャフォールドでは問題なく機能していましたが、56kbp スキャフォールドとして整列しようとすると失敗し、次のエラー メッセージが表示されました。

QualityScaledXStringSet.pairwiseAlignment のエラー (パターン = パターン、: サイズ 17179869183.7 Gb のメモリ ブロックを割り当てることができません

これがバグかどうかわかりませんか？; Needleman-Wunsch algorithm私は、 used bypairwiseAlignmentは、計算の要求がoperationsO(n*m)の順序にある​​ことを意味すると私が考えたであるという印象を受けました。同様に、類似度マトリックスも 3.1 ギガのメモリを占めるようです。big-o表記を正しく覚えていないのか、それとも環境のオーバーヘッドを考慮してアライメントを構築するために実際に必要なメモリオーバーヘッドなのかはわかりません。3.1E9(56K * 56k ~= 3.1E9)Needleman-WunschR scripting

より長いシーケンスのアラインメントに使用するより良いアラインメント アルゴリズムの提案はありますか? 最初のアラインメントは、BLAST を使用してすでに行われており、アラインメントする参照ゲノムの領域を見つけています。インデルを正しく配置するための の信頼性に完全に自信があるわけでBLASTはなく、生の BLAST アラインメントを解析するためのバイオストリングによって提供されるものと同じくらい良い API をまだ見つけることができませんでした。

ところで、問題を再現するコード スニペットを次に示します。

このエラーは、短いアラインメント (数百の塩基) では発生しません。エラーが発生し始める長さのカットオフをまだ見つけていません

data()データセットの名前を変数に格納して、を使用してRにデータファイルをロードしたいと思います。変数にデータセット名を格納せずにこれを行うのは簡単です。

ただし、データセット名が変数に格納されている場合、同じタスクを実行する方法がわかりません。

data()の戻り値は、ロードされたデータセットの名前です。私がロードしようとしているデータファイルは次の場所にあります~/R/2.15/library/ChIPpeakAnno/data/TSS.human.NCBI36.rda-バイオコンダクター固有のものはないと思います。

ありがとう！

私は生体伝導体に関するいくつかのチュートリアルを試しています。しかし、検索/送信したいというエラーメッセージが表示されます。残念ながら、Rはフランス語で構成されたシステムにインストールされているため、Rはフランス語でメッセージを返します。どうすればこれらのメッセージを英語で受け取ることができますか。

私のシステム：gnome3を実行しているUbuntu10.04; Rバージョンは最後です（2.15.1）Bioconductorは2.10に更新されました。

そして、データセットGSE20986をダウンロード/使用しようとしました（ただし、「Rの概要」に記載されている手順に従って、別のデータセットGSE2034で同様のエラーが発生しました）。フランス語を話す人には、私が受け取るエラーメッセージは次のとおりです。

ご協力いただきありがとうございます。