問題タブ [blast]

このページの ap 要素からコンテンツを取得しようとしています。ご覧のとおり、ソース コードには、必要なコンテンツを含む段落があります。

実際には、ステータスの値を取得したいと考えています。これが私のPHPコードです。

それが返す

["ノード値"]=> 文字列(0) ""

何か案が ？

ありがとう！

リストシーケンスを反復処理し、一度にそれぞれ爆破することになっているmatlabコードを書いています。コードの関連部分は次のとおりです。

一部の seq では機能しましたが、最後に次のエラー メッセージが表示されました。

この関数のドキュメントで提案されているように、「WaitTime」値として ROTE を定義したことに注意してください。

スクリプトは非常に多くの遺伝子を反復処理する必要があるため、5 分ごとにクラッシュさせることはできません。

シーケンスは実際にはゲノムのシーケンスですが、これでは出力が得られないため、結果を取得する必要があります。エラーはどこですか？クエリは正しいですか？

私は、NCBI BLAST で生成されたタンパク質間類似性の大規模なデータセットを扱っています。結果を大きなペアワイズ マトリックス (25,000 x 25,000) に保存し、多次元スケーリング (MDS) を使用してデータを視覚化しています。これらの行列は RAM で処理するには大きすぎるため、HDF5 形式でディスクに保存し、h5py モジュールでアクセスしました。

sklearn マニフォールド MDS メソッドは、3D の小規模データの優れた視覚化を生成したため、私が現在使用しているものです。計算には、完全な対称ペアワイズ非類似度行列が必要です。ただし、大規模なデータセットでは、形成されたクラスターを覆い隠す一種の「地殻」が形成されます。

問題は、完全な非類似度行列を入力する必要があることだと思います。一部のタンパク質は互いに関連していませんが、ペアワイズ非類似度マトリックスでは、非類似度のデフォルトの最大値を入力する必要があります。sklearn MDS のドキュメントでは、値 0 を欠損値と見なすと記載されていますが、欠損値が必要な場所に 0 を入力しても機能しないようです。

無関係なタンパク質を入力する必要がないように、不完全な非類似度マトリックスを入力する方法はありますか? または、ペアワイズ非類似度マトリックスでデータを視覚化するためのより良い/より高速な方法はありますか?

異なるシーケンスでいくつかの BLAT クエリを実行し、結果に対して複数のシーケンス アラインメントを実行したいと考えています。

Python を使用してこれらの BLAT クエリを実行するにはどうすればよいですか?

BLASTを使う方法があることは知っていますが、BLATについてはよくわかりません。

初めてBiopythonを使用しています。未知の生物の配列データがあり、BLAST を使用して、それらがどの生物に由来する可能性が最も高いかを判断しようとしています。私はそれを行うために次の関数を書きました：

正常に動作しますが、種ごとに生物を取得するのに約 2 分かかります。これは非常に遅いように思えます。私はもっ​​とうまくやれるかどうか疑問に思っています。パフォーマンスを向上させるために NCBI のローカル コピーを作成する可能性があることはわかっています。ただし、最初に BLAST にクエリを実行し、次に ID を取得してそれを使用して Entrez にクエリを実行するのは適切ではないと思います。改善のための他の提案はありますか？
ありがとう！