問題タブ [blast]

ここに記載されている SOAP サービスを処理するファイルを生成しようとしています: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55699/

しかし wsimport は失敗します:

しかし、私がテストした WSDL バリデーターではエラーは表示されませんでした ( http://xmethods.net/ve2/Tools.po、http://www.validwsdl.com/ ...)。

この問題を解決するにはどうすればよいですか?

ありがとう、

FASTA 形式の BLAST 出力からギャップのないシーケンスを取得することに興味があります。使えると思っhsps_no_gapたけどダメ。これを行うために使用できる方法はありますか?

stackexchange のバイオインフォマティクス バージョンでこの質問をしましたが、これはコンピューターの問題だと思うので、ここで運を試してみようと思いました。

大きなデータベース (すべてのヒトタンパク質) でローカル BLAST (v2.2.24+) を実行すると、次のエラーが発生します。

グーグルで検索すると、seqdbatlas のソース コードしか見つかりませんでした: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader/seqdbatlas.cpp見つかった：

C++ に関する私の知識は限られていますが、このことから得られるのは、そのサイズのデータ​​ベースで BLAST を実行するのに十分なメモリが PC にないということです。これは正しいですか? もしそうなら、より大きなメモリを搭載したコンピューターを入手せずにこの BLAST を実行する方法はありますか? 正しくない場合、どのようなエラーが表示されますか?

前もって感謝します、ニーク

BLAST (The Basic Local Alignment Search Tool) が設計された目的を知っています。しかし、私はそのような高度なテキスト比較とその最終的な効果を使用することに興味があります。

apche2サーバーでローカルブラストプログラムを実行しています...しかし、エラーが表示されます。 - - - - - - - - - - - 警告 - - - - - - - - - - -

MSG：blastallへのパスが見つかりません

私のコードは..

私がターミナルで同じコードを実行しているとき、それはうまく機能しています...そしてmwの正しい結果を示しています....plは私を助けます..apche2サーバーでローカルbalstプログラムを実行する方法.....

次の XML ファイルがあります。ファイル out.xml から VB.NETのタグHSPの下にある最初のHsp_qseq、Hsp_hseq、および Hsp_midlineの値を取得したいと思います。

次のコードを試していますが、.Read 関数を何回呼び出したかわかりません。

または、これを行うより良い方法はありますか？

ありがとう

これどうやってするの？私はBiopythonを使用しており、すでにマニュアルを見ました。もちろん、スタンドアロンの NCBI BLAST+ で「makeblastdb」を使用して FASTA から blastdb を作成することもできますが、すべてのプロセスを 1 つのプログラムで実行したいと考えています。

2つの解決策が考えられるようです。

1. このジョブを実行する関数を見つけます。

   私はこれを見つけることができません。私は一日中過ごしました。

2. Python で「makeblastdb」を実行します。

   Python シェルで os.system("C:\blast-2.2.25+\bin\makeblastdb.exe") を入力しましたが、パラメーターを指定できませんでした。

私は perl の初心者です。クエリを手伝ってください...ブラスト テーブルから情報を抽出しようとしています (以下はそのように見えます): これは標準のブラスト テーブル入力です...基本的に、読み取りのリストに関する情報を抽出したい (下の 2 番目のスクリプトを見て、私が何をしたいのかを理解してください)... とにかく、これはまさに 2 番目のスクリプトで行ったことです:

入力:

1) ブラストテーブル:

2) 読み取りリスト:

3）私が望む出力：

抽出したい読み取り名のリスト (4 番目の列にあります) が与えられた場合、最初のリストの情報のサブセットが必要です。読み取りリストをハッシュする代わりに (のみ?)、ブラスト テーブル自体をハッシュしたいのですが、列 4 の情報を (ブラスト テーブルの) 列 4 の情報をキーとして使用して、各キーの値を抽出します。これは、そのキーが複数の値を持つ場合でも (つまり、各読み取り名が実際には複数のヒットを持っているか、関連付けられている可能性があります)。 blast 結果はテーブルに表示されます)、値にはそのキー (readname) を含む WHOLE 行が含まれることに注意してください。

私のgreplist.plスクリプトはこれを行いますが、非常に遅いと思います（間違っていれば訂正してください）、テーブル全体をハッシュにロードすることで、これは非常に高速になるはずです...

ご協力ありがとうございました。

私のスクリプト: 壊れたもの (mambo5.pl)

スロー アンド クイック チート (これは機能します) は非常に低速です (私のブラスト テーブルは約 400MB から 2GB になる可能性があります。なぜそんなに遅いのかわかるはずです)。

その 4 番目の列をキーとして定義する方法がわかりません。分割機能を使用できるかもしれませんが、2 列を超えるテーブルに対してこれを行う方法を見つけようとしましたが、役に立ちませんでした...お願いしますヘルプ！簡単に外れる方法があれば教えてください

ありがとう ！

クエリが一致した件名と場所を知る必要があり、この一致は 100% である必要があります。blastall を使用してこれを行う方法はありますか?

ありがとう。

私は、GI番号によって一意に識別されるいくつかのシーケンスを含むローカルデータベース駆動型のWebサイトを持っています。GIを直接与えられた「NCBIブラストサイト」にリンクすることは可能ですか？たとえば、GI903049のシーケンスには次のリンクがあります。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/903049

このブラストページにリンクしています：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&QUERY=U22848.1&DATABASE=nr&MEGABLAST=on&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&LINK_LOC=nuccore&PAGE_TYPE=BlastSearch

NCBIに行かなくても、このサイトに直接リンクしたいと思います。ありがとう。