問題タブ [blast]

私は小さなプログラムを実装してブラストを実行し、ブラウザーなしで結果を取得しようとしています。ncbi c++ ツールキットは私が探しているもののように思えますが、それを使用する際に問題が発生しました。

私の環境は、MSVC 2010 c++ コンパイラと QT フレームワークを備えた Windows です。次の手順に従って、ツールキットをダウンロード、構成、およびビルドしました。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7167/

以下のディレクトリにすべてのライブラリ (.*lib ファイル) があります。

ncbi_cxx--12_0_0\compilers\msvc1000_prj\dll\lib\ReleaseDLL

以下はncbiが提供する例です。私は同様のことをしようとしています。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/sample/app/blast/remote_blast_demo.cpp

すべての準備ができたら、(Qt Creator を使用して) プロジェクトを作成し、ツールキットを使用してみます。ただし、たとえば、ヘッダーファイルのいずれかを含めると問題が発生します

ncbi ライブラリをインクルードするときのコンパイラ エラーを解決する方法がわかりません。エラー メッセージは次のとおりです。

'ncbi::CUtf8::AsUTF8' デフォルト パラメーターの再定義: パラメーター 2 (ncbistr.hpp 行 2861)

'ncbi::CStringUTF8 ncbi::CUtf8::AsUTF8(const ncbi::TCharUCS2*,ncbi::SIZE_TYPE)' : メンバー関数は既に定義または宣言されています (ncbistr.hpp 行 2861)

'ncbi::CUtf8::AsUTF8': パラメーター 2 の既定のパラメーターがありません (ncbistr.hpp 行 2861)

私はこのツールキットの使い方を考えるのに何日も費やしました。

ところで、プロジェクト ファイルにはパスとライブラリを含めます。

たとえば、リモート (NCBI) サーバーを使用して、何千もの EST シーケンスに対してスタンドアロンの Blast+ を実行しています。15 of 100 シーケンスが実行されているなどのステータス メッセージが表示されません。そのようなステータスメッセージを取得することは可能ですか? または、perl スクリプトを使用して次々とシーケンスを送信する他の方法はありますか?
どうもありがとう！

BLAST検索からの出力を次の形式で含むExcelのcsvファイルがあります。

これをcsvとしてPythonにインポートしました

私が今できるようにしたいのは、データの列をリストとして抽出することです。私の全体的な目標は、98% を超える一致 (3 列目) を持つすべての一致をカウントすることです。

問題は、これは典型的な csv 形式ではないため、上部にヘッダーがないため、ヘッダーに基づいて列を抽出できないことです。3番目の列をリストとして抽出できれば、Pythonの通常のリストツールを使用して必要な数値だけを抽出できると考えていましたが、pythons csvモジュールを使用したことがなく、適切なコマンドを見つけるのに苦労しています. SOに関する他の質問は似ていますが、ヘッダーや空のセルがないという私の特定のケースについては言及しないでください。あなたが私を助けることができれば、私はとても感謝しています!

そのため、ブラスト クエリを実行するスクリプトを作成しています。この時点で変数をハードコーディングしました (混乱しないようにするためだけです)。それは次のとおりです。

そして、何も得られず、出力ファイルは空白で、エラーも何もありません。コマンド ラインで blastCLine から blast コマンドを使用すると、機能します。Python環境で上記のコードを使用すると、動作します。私のスクリプトでは機能しません。

私はグーグルでたくさんの例を見てきました。私が言えることから、それはうまくいくはずです。私はそれをblastxに変更しようとしましたが、cmd="blastn"を使用しても無駄でした。助言がありますか？

長い質問で申し訳ありません。私はこのバグを解決しようとしてきましたが、何が間違っているのかわかりません! データの例を含めたので、私が何を扱っているかがわかります。

以下のように、BLAST検索からデータ出力があります。

これをcsvとして保存しました。これも以下に示します

私はパーセンテージ ID を調べる短いスクリプトを設計しました。それがしきい値を超えている場合は、queryID を見つけて、リストから重複を削除する前にリストに追加します。

ほとんどの場合、スクリプトは完全に機能しますが、以下に示すエラーが頻繁に発生します

しかし、スクリプトを変更して印刷line[2]すると、期待どおりにすべての ID が印刷されます。何がうまくいかないのか分かりますか？データの壁について再度お詫び申し上げます。

これは私の以前の質問から部分的に取られました: Extracting BLAST output columns in CSV form with python

私はバイオインフォマティクスが初めてです。200 以上のゲノムでタンパク質のリスト (クエリ) を見つけようとしています。各ゲノムの結果を別々に取得したい。bash スクリプトを作成しようとしましたが、うまくいきません。

一度に 2 つの tblastn インスタンスのみを実行したいと考えています。このコードは、200 を超える tblastn インスタンスを実行します。database_names.txt には、データベースの名前と場所が含まれています。

database_names.txt の最初の 3 行を次に示します。

ここにエラーメッセージがあります

そこで、ターゲット シーケンス サイトから DNA シーケンスの一部を取得し、それを使用してゲノムを攻撃します。次に、ブラスト結果の出力から、ターゲット サイトに一致するだけでなく、他の地域からの一致シーケンスがあるかどうかを知りたいです。BLAST出力から知る方法は? ゲノム部位の指標はありますか？ありがとう