問題タブ [blast]

2 つのシーケンスを整列させるために、次の blastp 出力を解析するのに助けが必要です。

Fasta では結果 (ヒット) が得られるが Blast では得られない、またはその逆のシーケンスを見つける必要があります。

そして、私はちょっと迷っています。

このシーケンスを検索する際、何を探すべきですか?

Blast を使用しても結果が得られない DNA またはタンパク質配列 (クエリ) を見つける必要があります。同時に、FASTAツールに入れると結果が得られるはずです。

何を探すことができますか？

SIFT を使用しようとするとセグメンテーション違反が発生する理由を解読しようとしています。

テスト fasta ファイルと、提供されている代替ファイルを使用しています。私は自分のシステムで正常に BLAST できる swissport データベースを使用しています。

SIFT を使用しようとすると、次のようになります。

過去 2 時間、エラーが処理されているソース コードを見つけようとしましたが、うまくいきませんでした。SIFT セグメンテーション違反の経験がある人はいますか? または、ソース コードを教えて、何が問題なのかを確認できますか?

どうもありがとう。

次の python スクリプトを使用して、一部の xml BLAST 出力を解析する際に問題が発生しています。

このスクリプトを実行しようとしたときに発生するエラーは次のとおりです。

問題/スクリプトを修正するために何ができるか知っている人はいますか?

ありがとう

このコマンドを使用して、複数の fasta ファイルをクエリとして使用して、ローカルで blastp を実行しようとしています。

そして、私はこのエラーメッセージに対して実行し続けます:

何が間違っているのかわかりません。クエリ ファイルは適切にフォーマットされています。これは、ncbi ブラスト ページの入力として使用できるため、間違いありません。入力ファイルは、約 200 のシーケンスを含む複数の fasta ファイルです。

ローカル ブラスト アライメントを自動化するために、小さなスクリプトを実装しようとしています。ターミナルでコマンドを実行したところ、完全に機能しました。ただし、これを自動化しようとすると、次のようなメッセージが表示されます: XML ファイルが空です。ファイルが書き込まれるように「システム」の待機時間を実装する必要がありますか、それとも何か間違ったことをしましたか?

コード ：

エラーがあります: XML ファイルが空で、blast_records オブジェクトが存在しません。ハンドルに何か問題がありましたか？

私はすべてのアドバイスを受け入れます。あなたのアイデアと助けに感謝します。

EDIT : 問題は解決しました。役に立たない質問で申し訳ありません。ハンドルを間違えて、正しい場所でファイルを開きませんでした。クロージングも同じ。ごめん。