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r - カットリー枝とクラスター枝の分岐
4 つの異なる遺伝子型に属するマウスの 1 日の水分摂取量からなるデータ セットがあります。階層クラスター分析を使用して、これらの動物を水の摂取パターンに従って分類し、クラスターごとの平均水の摂取量を数日にわたってプロットする縦グラフを作成するスクリプトを作成しようとしています。
そのために、まず次のように階層型クラスター クラスターを作成します。
次に、cutree 関数を使用して、どの動物がどのグループに属するかを評価し、グループごとの平均水分摂取量をプロットします。
問題は、階層クラスターから取得した数値と、cutree 関数によって割り当てられた数値との間に不一致があることです。クラスターがブランチを 1 から 4 まで下から順に並べている間、cutree 関数は私がよく知らない他の順序付けパラメーターを使用しています。そのため、クラスター プロットと摂取量グラフ プロットのラベルは一致しません。
私はコーディングの初心者なので、確かに冗長な行やループを多用しているため、コードを短くすることができますが、この特定の問題を理解するのを手伝ってくれれば、とてもうれしいです.
集まる：
摂取量グラフ
r - タングルグラムのラベルが機能しない (dendextend)
タングルグラム (パッケージ dendextend) にラベルを付けようと何度か試みましたが、ラベル (etic) が機能せず、単純なプロットでも機能します。どのコマンドを使用すればよいですか?
r - デンドログラムで色付きのバーにラベルを付ける方法
デンドログラム プロットに追加した色付きのバーにラベルを追加するにはどうすればよいですか?
次のコードは、色付きのバーのラベルで、値1を赤に、値0を白にリンクする照準タスクに対して行った 2 つの試みを示しています。
生成されたプロットには、それぞれ次の問題があります。
色付きのバーに使用される値はバイナリですが、ステータスラベルには 4 つの異なる値が表示されます。
ブレークは明確に定義されていますが、それらにリンクされている色が間違っています
色付きのバーに使用される値はバイナリですが、ステータスラベルには 4 つの異なる値が表示されます (スキップはその仕事をしませんでした)
プロットは次のとおりです。
コードのリファレンスは、1、2 . 最初のリンクはラベルを追加する方法を示していますが、これはうまくいきませんでした.2番目のリンクはカラーバーを追加する方法を示しています.
r - デンドログラムのリーフ ノード ラベルのみを色分けするにはどうすればよいですか?
樹状図のリーフ ノード ラベルのみを色分けしようとしています。私がやろうとしていることに最も近いこのスタックオーバーフローの投稿を見つけました
Tal Galili の答えは役に立ちますが、グループ ラベルをリーフ ノード ラベルに付けたくない場合はどうすればよいでしょうか。グループ メンバーシップに応じてリーフ ノード ラベルを色付けするだけです。
ガリリのコードを使うと
グループラベル自体に基づいて行名を一意にする代わりに
それらがすでにすべて一意である場合はどうでしょうか。
一意の行名をノード ラベルとして保持し、グループ メンバーシップに応じて色を付けるにはどうすればよいですか (この場合、Galili のコードでは「groupCodes」になります)。