問題タブ [dendextend]

hclust() を使用して、R の 20,000 行 x 169 列のデータ セットに基づいて距離行列をクラスタリングしています。クラスターオブジェクトを樹状図に変換して樹状図全体をプロットすると、かなり大きなpdfに出力しても、あまりにも大きくて読みづらいです。

樹状図を切り捨てるクラスターの数 (k) を指定し、樹状図の上部のみを k 個の分割点の上にプロットしたいと思います。関数 cut() を使用して高さ (h) を指定することに基づいて上部をプロットできることはわかっています。

また、dendextend パッケージを使用して、樹形図プロットを k グループで色付けできることも知っています。

しかし、私のデータセットでは、このデンドログラムは密度が高すぎて、どのグループがどの色であるかを読み取ることさえできません。h ではなく k を指定して、カット ポイントの上のデンドログラムの上部のみをプ​​ロットする方法はありますか? または、k を指定して、デンドログラムの h 値を取得する方法はありますか?

cutree() を使用して、hclust() ツリーをいくつかのグループにクラスター化しました。ここで、いくつかのグループメンバーを hclust() として hclust() する関数が必要です... また:

1 つのツリーを 168 のグループに分割し、168 個の hclust() ツリーが必要です... 私のデータは 1600*1600 の行列です。

私のデータは大きすぎるので、例を挙げます

ここで、18 本の木をプロットしたいと思います... 1 つのグループに 1 本の木です。いろいろ試しました..

次のような単純なデンドログラムを考えてみましょう

ノードの距離 (高さ) に注釈を付けるにはどうすればよいですか? パッケージを調べましたdendextendが、そのような機能は提供されていません。ただし、これらの距離のリストを

どんな助けでも大歓迎です。

既存の列を使用してデンドログラムの枝に色を付ける質問から、デンドログラムの葉の近くの枝に色を付けることができます。コード：

に示すように樹状図を生成します。 ただし、現在のブランチのすべての葉が同じラベルになるまで、ルートに向かってブランチに色を付けたいと考えています。1 つでも不一致があった場合でも、既定の色である黒に切り替えます。結果のデンドログラムを次のようにしたい

私が欲しいのはcolor_brancheslikeを使うのと少し違う

一部の外部ラベルに基づくのではなく、独自のクラスターに基づいて色付けされるためです。