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Rクラスターを識別する長方形を使用して、階層的クラスタリングの結果をデンドログラムとしてプロットしようとしています。

次のコードは、垂直樹状図のトリックを実行しますが、水平樹状図 ( horiz=TRUE) の場合、長方形は描画されません。水平デンドログラムでも同じことを行う方法はありますか。

さらに、希望の距離値で木を切るための線をプロットしたいと思います。Rでそれをプロットする方法.cutree関数はクラスターを返しますが、それをプロットすることも可能です.

私が探している望ましい出力はこのようなものです。

Rでこれを行うにはどうすればよいですか?

Matlab では、dendrogram関数の一部としてプロットする樹状図のノード数を指定できますdendrogram(tree,P)。P リーフ ノード以下の樹状図プロットを生成します。

Rで同じことをしようとした私の試みは、heatmap2惨めに失敗しました。stackoverflow と biostars への投稿では、使用cutreeが提案されていますが、オプションheatmap2に関する投稿の提案に固執していRowvます。ここで、"TAD" は 8 列 x 831 行のデータ マトリックスです。

次のメッセージを返します。

cutree制限されたデンドログラムをプロットするために探索する正しい道を使用していますか? これをmatlabに似た簡単な方法はありますか?

R で hclust 関数を使用して階層的クラスタリングを実行する場合。最終的な合流の高さはどうやってわかりますか?

したがって、いくつかのRのデフォルトデータで明確にするために：

すべてのクラスタリング情報を含む変数 hc になります。

そしてデンドログラム：

樹状図でわかるように、最終的なマージは高さ > 200 (約 300) で発生します。しかし、デンドログラムはどのように知っているのでしょうか? この情報は hc.height 変数にも dendrogram1 変数にもありません。言及された最高のマージは169です。

dendrogram1 変数にこの情報が含まれていない場合、プロット関数は、300 の高さでマージが発生する必要があることをどのように認識しますか?

他のアプリケーションでこの数 (+- 300) が必要であり、プロットからそれを読み取るのはまったく非現実的であるため、私はこれを求めています。

喜んで助けてくれる人に前もって感謝します！

私が作成した樹状図から

私はサブブランチを選びました

単純に k を表示すると、次のようになります。

たとえば、「midpoint」属性や 2 番目の「label」属性にアクセスするにはどうすればよいですか?

（ここで正しい用語を使用したいと思います）

私は次のようなことを試しました

しかし、どちらも「NULL」を返しました。

質問番号 2 で申し訳ありません: 属性「中間点」の後に「ラベル」属性を追加するにはどうすればよいですか?

私はRにデンドログラムを持っていますが、それを正しく理解することはできません。

問題が何であるかを示します。これを確認してください: http://img.photobucket.com/albums/v699/rica01/Rplot-1.png

葉のラベルを大きくして間隔を空けるにはどうすればよいですか?

ありがとう。

-リカルド

以下のコードを使用して、R で階層クラスタリング分析を実行した後、デンドログラムを作成しました。ベクトルとして保存されている別の因子変数に従って、ラベルに色を付けようとしています。これを達成するのに最も近いのは、パッケージColourDendrogram内の関数を使用してブランチを色分けすることです。sparcl可能であれば、ラベルを色分けしたいと思います。次のリンクで同様の質問に対する回答を見つけました 既存の列を使用した樹状図の枝の色& R の樹状図の枝の着色, しかし、私の目的のためにサンプルコードを変換する方法を見つけることができませんでした. 以下は、データとコードの例です。

これを行う方法についてのアドバイスは大歓迎です。