問題タブ [dendextend]

私はデンドログラムに取り組んでいます

次に、私が受け取るメッセージは次のとおりです。

このリンクを使用して、カテゴリごとに色付きのラベルが付いた素敵な樹状図をプロットしています。2番目の答えは、以下のコードを使用するこのリンク（ Rの水平デンドログラムのクラスターの周りのツリーカットと長方形）で私が見ているものです：

16個のクラスターがあり、145個のラベルがあるため、クラスターの一部を切り取って、それらのいくつかにのみ焦点を合わせ/切り取り/ズームインしたいので、いくつかのクラスターのみを表示できるようにします.何か方法はありますか?これは hclust オブジェクトにあります。これは、145 個のラベルで図が乱雑になるため、見栄えを良くするためだけのものです。ラベルごとに色を付けたいので、ggdendro はかなり適していると思います。

たとえば、このリンクでは、3) デンドログラムの拡大http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.htmlを見れば、

階層的なクラスタリングを実行し、ヒートマップを使用して古典的なデンドログラムをプロットしたいと考えています。これは、R で heatmap.2 または heatmap.3 を使用するとかなり簡単で、Python でもかなり簡単に見えます。ただし、私が実際に良い解決策を見つけていないのは、ツリーの注釈です。

理想的には、メタ データに従ってブランチを色分けしたいと考えています。クラスタリングの後、これらのタイプがどのようにグループ化されるかを視覚化したいと思います。データ量が多いため、各行にラベルを付けるのは現実的ではありません。

クラスター/距離に基づいてツリーを色付けすることは不可能ではないようですが、それは私が本当に望んでいることではありません。

色の分類ベクトルは、別の列または行名の一部である可能性があります

R och Python でのソリューションは、実際には重要ではありません。ありがとう！

編集：

例：

出力:ここ

望ましい出力:ここ

いくつかのデータをクラスター化しr、結果をデンドログラムとしてプロットしました。私が今見つけようとしているのは、ラベルの色を変更して、同じラベルが同じ色になるようにする方法です。

次のコードを使用して樹形図を取得しました。

結果のデンドログラムは次のようになります。

私が今やりたいことは、同じ色の同じラベルをすべて色付けすることです。すべて2010黄色、すべて2011青など。私はかなり調査しましたが、ほとんどの場合、ラベルが含まれているクラスターに応じてラベルに色を付ける方法しか見つかりませんでした。誰かが私が望むことを行う方法を知っていますか?

WGCNA パッケージの moduleeigengenes のデンドログラムをプロットしており、ブランチを注文/交換したいと考えています。関数を使用しplotEigengeneNetworksてプロットしますが、分岐の順序を定義できません。デンドログラムを変更するためのパッケージがあることは知っていdendextendますが、これは関数が生成する出力では機能しませんplotEigengeneNetworks。これを達成する方法についての提案があれば、私は役に立ちます。

例：

Sparcl パッケージ ( https://cran.r-project.org/web/packages/sparcl/sparcl.pdf ) を使用して、R でデンドログラムをプロットしています。私の特定の問題では、1 つの基準に従ってグループをクラスタリングしています。そして、別の基準に基づいて色付けして視覚化したいと思います (これのポイントは、クラスターが別の特性と一致する (または一致しない) ことを示すことです。Sparcl パッケージでこれを行うことができ、ノードを強調表示します)。強調したいのは：

標準のプロット関数でプロットすると、ラベルやテキスト サイズなどのさまざまなパラメータを hang と cex で制御できます (ただし、枝に色を付けることはできません) (図では、これは "Dendrogram 1" です)。

一方、Sparcl 内で ColorDendrogram 関数を使用してプロットすると、色付きの樹状図を取得できますが、書式設定オプションが失われます (図では、これは「樹状図 2」です)。

hang と cex を使用してテキストのサイズと配置を制御すると、ColorDendrogram でエラーが発生しました。 私の質問

Sparclパッケージまたは別のパッケージ内で、これを修正する方法を知っている人はいますか? ColorDendrogram が持つ色の柔軟性を持ちたいと考えていますが、書式設定機能を失わないようにしたいと考えています。

デンドログラムやクラスターのノードの階層構造を抽出したいと考えています。

たとえば、次の例では:

ノードは、デンドログラム内の位置に従って分類されます (下の図を参照)。

(dendextend パッケージのチュートリアルから抜粋した図)

次の出力として、各最終リーフのすべてのノードを取得したいと思います: (ラベルは左から右、下から上に並べられます)

前もって感謝します、

カラー サイド バーをヒート マップ列に追加しようとしています。

私のケース/サンプルは異なるグループ/クラスに属しています (たとえば、サンプルはさまざまな細胞での多くの遺伝子発現の結果であり、グループは異なる種です)。

カラー サイド バーにさまざまな種を反映させたいと思います。列には、セルの種類によって既にラベルが付けられています。異なる種に異なる色を (if と else を使用して) 1 つずつ割り当てることができることはわかっていますが、20 を超える種と 200 を超えるサンプルを持つことは実用的ではありません。同様に、グループごとにデータを並べ替えて、サンプル 1 から 10、11 から 25 などに異なる色を割り当てることも現実的ではありません。

グループ名の列が正常に機能していることas.character(as.numeric(data[,XXX])がわかりました。XXXしかし、それはぞっとするような色を提供します。たとえば、虹色からほんの数色を適用する方法はありますか?

colCol はheatmap.2適切なように見えましたが、使用すると、同じクラス/グループが無視され、たとえば、すべてのサンプルに色のパレットが割り当てられます...

上記に加えて、樹状図だけがプロットされているときに同じことを行う方法を考えています。さらに複雑なようです...どんな助けにも感謝します!