問題タブ [dendextend]

のクラスタリングで使用される色を抽出しようとしていますcirclize_dendrogram。サンプルコードは次のとおりです。

を使用して、集計されたクラスターが抽出されるようにしcutree(dend, k = 5)ます。指定されたものに基づいて樹状図のクラスターの色を抽出する方法はありcolsますか? gridパッケージを使用してプロットに凡例を挿入するために必要です。

例、凡例: クラスター 1 - #009000; クラスター 2 - #FF033E; クラスター 3 - #CB410B; クラスター 4 - #3B444B; クラスター 5 - #007FFF. の問題circlize_dendrogramは、クラスタに使用される色の順序が異なることです。

これは手動でもできますが、自動でできると効率的です。クラスターの色を抽出できれば、それは可能です。

デンドログラムの下のカラー バーに多くの属性をプロットしようとしていますが、配置を正しく行うのに問題があります (つまり、y_scale や y_shift を調整する方法)。デフォルトでは、25 個のカラー バーのうち 5 個がプロットされ、y_shift=0.7 に設定すると、すべてのカラー バーが表示されますが、樹状図がカバーされます。

間隔を正しくするために最後の行をどのように変更し、どのように正しい調整を思いついたのだろうかと思っていました。ありがとうございました！

パッケージdendextendを使用してデンドログラムを作成しようとしています。それは本当に素晴らしい gg デンドログラムを作成しますが、残念ながらそれを「円」にすると、ラベルが追いつきません。以下に例を示します。

私の距離オブジェクトはここにあります: http://speedy.sh/JRVBS/mydist.RDS

これにより、基本的に次のイメージが得られます 。これは素晴らしいことです。ただし、これを円に変えたいので、次を使用します。

そして、このグラフを以下に示します。これはまさに私が望むものに近いですが、ラベルを回転させるだけです。

どんな助けでも大歓迎です。内部では、dendextend が基本的にいくつかの data.framesを作成し、それらに対してgeom_segment()andを呼び出しgeom_text()て樹状図とラベルを作成していることを知っています。関連する data.frame を次のように公開できると思います。

別の戦術はggplot(labels = FALSE...)、プロット時に使用しgeom_text()てから、色を保持しながらgeom_text(angle = ).

また、さまざまな ggplot ウィザードを組み合わせることでback.df2、1 番目と 2 番目のプロットを再度取得して作成できるようになるだけでなく、ラベルの角度も制御できると思います。しかし、私はこれを行う方法がわかりません.dendextendパッケージを使用してすでに多くのことを構築しており、理想的には樹状図オブジェクトを作成するために新しいパッケージを使用する必要がないようにしたいと考えています.ラベルの外ではこれが本当に好きです!

解決

これは、以下の Richard Telford のソリューションに基づいています。最初に の編集版を作成しましたggplot.ggdend()。これは、以下の回答で提供されているものと同じです。次に、読みやすさを向上させるために、ラベルの回転が 6 時から 12 時に切り替わるように、角度と hjust のベクトルを自動的に作成する関数を作成しました。

次に、次のコードを使用してプロットを作成しました。

そして、最終的にこの最終的なプロットが作成されました!

(データのいくつかを変更したため、一部の順序がプロットで異なって見える場合があります)

初めて樹形図を作成していますが、クラスターの周りの長方形がラベルの上に描かれています。この重複を避けるために、これらのラベルの配置を変更する方法を知っていますか?

ここで、私のコードの実例を見つけることができます:

上記のコードのプロットは次のとおりです。

特に、赤い四角形に樹状図の葉のラベルを完全に含めたいと思います。

ありがとうございました！

を使用して 2 つdendextendのtanglegramデンドログラムを比較しています。クラスターに対応するノード ラベルの色付けなど、ほとんどすべてが機能しています。機能していないのは、すべての接続線 (1 つの樹状図のノード ラベルから別の樹状図のノード ラベルまで) を黒くしたいということです。現在、それらはランダムに色付けされているため、解釈が難しくなっています。

これがRスクリプトです。私が興味を持っているのは、RGuiで実行すると正しい（すべての接続線が黒）が、pngにはさまざまな色の接続線があることです。

私は何を間違っていますか？common_subtrees_color_lines = FALSEタングルグラムに使用してみましたが、役に立ちませんでした。

https://plot.ly/python/dendrogram/を plotly.js で作りたい。出来ますか？誰かがJavaScriptでデンドログラムを実装しましたか?

ここに私のデータがあります

ここで私は何をしますか

そして、それは私が次のように欲しいものを私に与えます

ここでは、すべてのグループが黒色で表示されており、樹状図は明確ではありません。私が望むのは、各グループの色を変更し、番号の代わりに縦に名前を使用することです。最後に、hclust( . " ward.D2") x ラベルと y ラベルを必要に応じて変更しながら

Rにインポートされた150個の遺伝子の樹状図があり、樹状図から独立した0から200までのスコア値を持つ樹状図の同じラベルを持つデータフレームがあります。

たとえば、青から赤への色のグラデーションを使用して、表のスコア値でデンドグラムのラベルに色を付けたいと思います。次のリンクで同様の質問に対する回答を見つけまし た R で追加の因子変数によって樹状図のラベルを色付けする方法&定義されたグループに従って樹状図のラベルに色を付ける方法? (R)

しかし、次の理由により、サンプル コードを自分のコードに変換する方法を見つけることができませんでした。

1)ラベルによってリンクされた外部値を持つデンドグラムと一致するものはなく、
2)ランダムな色ではなく、スコアに応じて色を割り当てたい。

ここに私のコードのデータ例があります

((アライグマ:19.19959、クマ:6.80041):0.84600、((シーライオン:11.99700、アザラシ:12.00300):7.52973、((サル:100.85930、ネコ:47.14069):20.59201、イタチ:18.87953):2.08.83) :25.46154);

（ここでは、スコアに応じて色のグラデーションが必要です） このプロットは他のツールで生成されましたが、Rのグラデーションカラーツールで生成すると予想されるものです