問題タブ [phylogeny]

以下は、同じツリー (系統) の 3 つの同等の表現です。2 つのツリー表現が等しいかどうかを確認するアルゴリズムを見つけようとしています。ノード間の親子関係が類似している場合、ツリーは同等であると定義されます。

誰でも方法を提案できますか？

樹状図は非常に人気があることを私は知っています。ただし、観測値とクラスが非常に多い場合は、追跡するのが困難です。しかし、同じことを提示するためのより良い方法があるはずだと感じることもあります。アイデアは浮かびましたが、実装方法がわかりません。

次の樹状図を考えてみましょう。

散布図のようにプロットできます。2点間の距離が線でプロットされ、散在するクラスター（想定されるしきい値）が色付けされ、円のサイズがいくつかの変数の値によって決定されます。

Stackoverflow の何人かの人々の助けを借りて、次のコードを思いつきました。

ただし、HPV16 を xpath 式にハードコーディングしています。行 [0] から HPV16 を取得したいと思います。私は次のようなことを考えていました：

しかし、それはうまくいかないようです！いつものように、助けていただければ幸いです

EDIT：要求されたように、xmlファイルから数行を追加しました：

Rで2つの部分からなるネットワークを作成したいと思います。たとえば、2種類の種のdata.frameがあり（種内ではなく、種間でのみ相互作用できる）、各種に特性値（たとえば、捕食者の口は、誰がどの獲物種を食べることができるかを許可します）、種の特性に基づいてネットワークをどのようにシミュレートしますか（つまり、2つの種は、特性が値で重複している場合にのみ相互作用できます）？

更新：これは私がやろうとしていることの最小限の例です。1）系統樹を作成します。2）系統発生の特性をシミュレートします。3）種の特性値に基づいてネットワークを作成します。

R を使用するのはこれが初めてです。

3 列 12090 行 (156 バクテリア) のテーブルがあります。最初の 2 列は細菌の名前で、最後の列は生物間の関連性を示す番号です (一種のゲノム類似性に基づく)。例は次のようになります (構成された数字):

これらをある種の系統樹に隣接できるようにしたいと思います。これを行うには、「nj」に距離行列が必要であることがわかります。これを距離行列または使用可能な形式に変換するにはどうすればよいですか? (数値はすでに距離であるため、計算を行う必要はありません) as.dist() と as.matrix() と reshape() を試しましたが、新しいのですべて間違っている可能性があります。(リシェイプは私が必要とするものかもしれません..)

または、他の方法でこれらをツリーにする方法を誰かが知っていれば、それは素晴らしいことです。

助けてくれてありがとう。

( b、c、a )の形式のトリプレットのデータセットが与えられた場合に、系統樹 (葉ノード内のすべてのデータ) を作成する短いプログラムを作成するタスクが与えられました。ここで、aは最も一般的な祖先です。bとcの。

Aho、Sagiv、Szymanski、および Ullman の論文「Inferring a Tree from Lowest Common Ancestors with an Application to the Optimization of Relational Expressions」(SIAM J. Computing vol 10 no. 3、1981 年 8 月) のコピーを持っています。アルゴリズムの説明は途中までですが、葉が共通の祖先によって選択される「誘導」というラベルの付いた部分に行き詰まっています。オンラインで情報を探すと、この部分をスキップする傾向があるページが見つかります。私はそれが明らかだと思います、そして私は何かが欠けていますか？

私がこれまでに持っているもの（perlでは、まだサブルーチンに分割されていません）：

データファイル：

検索 ( https://www.google.com/search?q=phylogenetic+tree+from+tripletsが一般的) では、これまでのところ有用な情報は得られませんでしたが、Triplet Methods (PDF) はそれに近づきました (間違いがあるのではないかと思います)。グラフではありますが）。

また、Snir と Rao による「Using Max Cut to Enhance Rooted Trees Consistency」、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics、vol 3 no. も読みました。4 Oct-Dec 2006)、いくつかの問題を明確にするのに役立ちましたが、私を妨げている問題は解決しませんでした。

ありがとうございました。

私はWPFの初心者です。問題は、WPFでツリー構造を表示することです。

リモートデータベースに接続するWPFアプリがあります。DB内の1つのテーブル（分類テーブル）には、「親ノード」（varchar（50））と「子ノード」（varchar（50））の2つの列があります。次に、その系統樹を表示します（写真を参照）。ツリー上の各ノードはチェックボックスと結合されているため、ユーザーは必要に応じて複数のノードを選択できます。

WPFの知識が不足しているため、それを実現する方法がわかりません。ここではどのコントロール（またはコントロールの組み合わせ）を使用する必要がありますか？この場合、WCFは必要ですか？

前もって感謝します。

任意の提案やチュートリアルは大歓迎です。

RapidXML を使用して XML ツリーを解析することに興味があります。ただし、この XML には、必要のない行の層がいくつかあります。これは、それが遺伝的ツリーの表現であり、多くのレイヤーが「クレード」と呼ばれているためです。これは、私にとって本質的に役に立たない情報です.

たとえば、ドキュメントのサンプルは次のとおりです。

ツリーのこの部分は、真核生物がネオムラの子であり、ネオムラが系統発生の子であることを表しているはずです。ただし、クレードノードの外観を考慮せずに RapidXML を使用して解析すると、いくつかの不要なレイヤーが作成されます。誰もこれを進める方法について何か考えがありますか?

私は、子のリストから新しいツリーを作成することに取り組んでいます。リスト名が親名で、リスト要素が子であるリストのリストがあります。次に例を示します。

したがって、私が望む出力は、次のように newick 形式の phylo ツリーです。

825(824(823(822(821(820(819,816,789(788),787,785(784),783(782)),777(776)))))

これを行う最善の方法は何ですか？1 つの方法は、深さ優先順でトラバースしてツリーを作成する再帰関数を作成することです。しかし、R では再帰は良くないことが知られています。

ありがとう。