問題タブ [phylogeny]

系統発生といくつかのデータ (特性値) があります。aceinを使用して、すべてのノードの特性値を再構築しましたcaper。

再構築された特性値を適切なノードに関連付けるために使用makeNodeLabelしました。ape

私がやりたいことは、ノード値 (再構成された値)と先端ラベル (経験的データ) の両方を含むネクサス ファイル (系統発生) を R からエクスポートすることです。

値を示すために (FigTree で) カラー コードを使用したいのですが、現時点ではノードでのみこれを行うことができます。つまり、先端分岐にはデータがないため、「色分け可能」ではありません。

これを行うには、ヒントに値を関連付ける必要がありますが、これを行う方法がわかりません。また、系統発生に関連付けるすべてのデータが「類似のカテゴリ」にある必要があります。つまり、たとえば、シータ値*BEASTがネクサスファイルでコード化される方法と同様です。

どんな助けでも大歓迎です。

系統発生の非独立性を制御しながらMANOVAを実行するRのパッケージまたは方法を知っている人はいますか?

ありがとうございました！

RI では、以下の例のように多色の線を使用したグラフをいくつか作成したいと考えています。おそらく、隣り合わせに配置された異なる線を使用してこれを行うことができますが、問題は、正しい線幅を使用して、間に空白を入れずに正確に隣り合わせに配置するのが難しいことです ( lwd 引数R グラフィックス パッケージの線の数は絶対座標ではありません)。2 つまたは 3 つ (またはそれ以上) の異なる色で 1 つの線を描画したいことを指定する他の方法はおそらくありますか? (理想的には、コーナーとライン キャッピングは問題ないように見えるはずです)

乾杯、トム

PS私が取り組んでいるアプリケーションは、下の画像のように多形状態で系統発生を描くことができるようにすることです

Dendropy でいくつかの系統発生学を行っています。チュートリアルに従って、フィルター (ラムダ関数) を使用してツリーのすべての葉をトラバースしようとしています。

ラムダ関数を使用すると、反復子が leaf_iter の場合にエラーが発生しますが、反復子が他のもの (postorder_node_iterate など) の場合は発生しません。私は何が欠けていますか？

トレースバックは数百行の長さなので、抜粋を示します。

問題をテストするには、チュートリアルからほとんど抜粋した次のコードを使用できます。

私は百万年単位の絶対枝の長さを持つ系統樹を持っています。0 と 1 の間の値を持つ距離行列を計算するにはどうすればよいですか?

関連生物のセットの生理学的データを示すグラフに系統樹を配置しようとしています。下の写真のようなもの。これは、2 つの別々のグラフからパワーポイントでまとめたものです。仕事は終わったと思いますが、ドキュメントにフォーマットしやすいと思う単一の画像を作成したいと思っていました。ggplot2 を使用して必要なグラフを作成し、ape を使用してツリーをインポートできます。ツリーをグラフィカル オブジェクトとして保存し、gridExtra の gridarrange 関数を使用してグラフに配置する方法があるはずだと考えていました。問題は、サルがツリーをグラフィカルオブジェクトとして保存できないことです。たとえば、

ツリーをプロットするだけで、p2 を呼び出すと、引数のリストが表示されます。誰かヒントがあればと思っています。

ありがとう！

このようなリストのリストのリストがあります

そして、それらから系統樹を構築したいと考えています。私はそのようにノードクラスを書きました（部分的にこのコードに基づいています）：

そして、次のようにツリーを構築しようとします。

これは最初の一致では機能しますが、2 番目の一致を開始すると、ツリーの先頭からではなく、ツリーの最後に追加されます。どうすればいいですか？ID の検索でいくつかのバリエーションを試しましたが、うまくいきません。