問題タブ [phylogeny]

I submitted this question to stat.stackexchange

https://stats.stackexchange.com/questions/147909/puzzling-average-of-correlated-measurements

but it looks like it fits more into that forum, as it may be more a computing issue than a statistic one:

I want to average correlated measurements. Given a set of measurements:

whose internal correlations are given by the covariance matrix C.

A Chi2 minimization leads to the following average:

But the following example puzzled me:

Let's consider the following tree:

tree.mod:

and do in R:

I am puzzled because meanX = 2.5, which corresponds to the case of high correlation, while in that example the covariance matrix is almost diagonal, so I expect meanX = 3.

I must be missing something, any input would be welcome! Thanks

連続文字の先祖の状態を再構築しようとしています。ape パッケージの Ace 関数を使用すると、次のようなエラー メッセージが表示されます。

nlm(function(p) dev.BM(p), p = c(1, rep(mean(x), nb.node)), hessian = TRUE) のエラー: パラメーターに値がありませんさらに: 警告メッセージ: でmean.default(x) : 引数が数値または論理値ではありません: NA を返します

使用したコードは次のとおりです。

個別の文字に使用した場合、同じデータ セットは完全に機能しました。ここにデータセットデータがあります ここにツリー ファイルtreefile

ルート化されていないツリーを構築し、 outgroup を明示的に指定することでルート化できるようにする他のパッケージ、特にape for R があります。

対照的に、BioPython ではルートを指定せずにルート付きツリーを直接作成できるため、たとえば次のコードからルートがどのように決定されているのか気になります。

ツリーが構築された後にここでシーケンスを作成しましたが、それでもこれはそのプロセスから構築された根付きツリーです。

別のファイルの情報を使用して、phylip ファイルの名前を変更したいと考えています。phylip は情報の連続した 1 つの文字列にすぎず、変更したい名前 (例: aaaaaaabyd) が埋め込まれています。そのようです

（改行はありません）

内の名前は のようなものaaaaaaaabkです。

他のファイルには、他のファイルと同様に、情報が次のように変更されています。

いろいろ試しましたが、これが一番近いです。問題は、それが 1 つだけ実行され、残りの phylip ファイルが出力されないことです。((Theileria parva:0.23400159127856412500 など) に到達する必要があります。

MrBayes で両方を同時に修正することは可能でしょうか?

ツリートポロジの修正に関する以前の投稿をいくつか見ましたが、最初にツリーを定義してから、次のような「修正済み」関数を使用します（すでに species_topology を定義していると仮定します）

最初の行はツリー トポロジを修正し、2 行目は他のトポロジに移動する可能性がゼロであることを定義します。

枝の長さを修正するために同様のことを行うことはできますか? ブランチの長さへの提案の移動に関しては、使用する必要があると思います

しかし、何を入れたらよいかわかりません：

前もって感謝します！MrBayes のメーリング リストで多くの投稿を検索しましたが、両方を同時に修正することについて質問はありませんでした。通常、トポロジを修正するだけです。

haploNet パッケージを使用してハプロタイプ ネットワーク上でいくつかのプロットを作成する場合、インターネットで入手できるスクリプトを使用して実行しました。しかし、私は何かが間違っていると思います。スクリプトは、woodmouse の例の形式で入手できます。私が使用したコードは次のとおりです。

ただし、ind.hap をプロットすると、一部の行が適切な場所にないことがわかります。これはここで見ることができます：

行 IX が適切な場所にないことがわかります。これはそれほど問題にはなりませんが、プログラムは行 9 を使用して、VIII のデータである IX の円グラフを作成します。結果は次のとおりです: (評判が 10 を下回っているため、画像を挿入できませんでした...とにかく、ファイル全体を実行することで画像を取得できます)

V から IX までは、本来あるべき状態ではないことがわかります (これらはスワップされた行です)。例: IX にはハプロタイプが 1 つしかありませんが、VIII データを使用して生成された 2 つのハプロタイプ (どちらもチャートの 50% を占めます) の円グラフがあります。行は昇順ではなくアルファベット順にソートされますが、これはパッケージ固有のものであるため、どうすればよいかわかりません。私は R の達人にはほど遠いので、抽象的になりすぎないようにして、代わりにコードを提供してください。

このパッケージをよく知っている人がいる場合は、woodmouse の例では見えなかったので、実際のチャートの後ろにこれらの奇妙な余分な線がある理由も説明してください (数字が付いています)。それも？）

事前にサンクス