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apeパッケージを使用して、R で互いに反対の 2 つの系統発生をプロットしたいと思います。1 つのツリーには 40 個のノードがあり、1 つのツリーには 26 個のノードがあります。

このcophyloplot関数は、指定されたリンクを使用してこれらを向かい合わせにプロットします。

リンクの指定に困っています。

私の実際のnexusツリー ファイルでは、ヒント ラベルはテキストであることに注意してください (必要に応じて、これらを数値に変更する方法がわかりません...)。

リンクは次のようになります。

tree1nexus ファイルで、シーケンスのヒント ラベルが1 ～ 40 の場合。tree2nexus ファイルでは、ヒント ラベルは 1 ～ 26 です。次に、リンクは次のようになります。

(つまり、 のシーケンス 1tree1は のシーケンス 14 とリンクされていますtree2)

したがって、次のようなものを使用してツリーをプロットします。

距離行列を計算します。

ここでどこが間違っているのかよくわかりません。どんな助けでも大歓迎です！

neighbourNets は比較的人気があるにもかかわらず、次の問題に対する解決策を見つけることができませんでした。phangornR では、neighborNet (package 、オブジェクト クラス networxを使用して作成) をプロットしようとしています。パッケージはigraph静的な2Dグラフのプロットに使用するため、グラフを再プロットするたびに、レイアウトが変更/回転します(igraph明らかに、のデフォルト動作)。ここで、通常の igraph をプロットする場合は、レイアウトを保存して、それを再利用し続けます。

しかし、これは現在の問題では機能しません。plot.networx のヘルプ ファイルは、igraph とレイアウトを参照していますが、「参照」セクションのみです。xy 座標マトリックスを手動で作成しても (ここで提案されているように) 機能しません。ノード ラベル/ノードのヒントの位置は、近隣ネットワークでは重要です。私は試した

したがって、問題は、それをどのように機能させるかということです

Python で ETE2 モジュールを使用してツリーを作成しようとしています。2 つの親ノードに 1 つの子ノードを追加して、ツリーが表示されたときに両方が子ノードに接続されるようにします。私は ETE の完全な初心者なので、これが簡単な質問である場合はご容赦ください。コード：

出力は

ここで私は根本的にツリーの考えに反対していますか? ETE には、私が提案していることを行う簡単な方法がありますか?

さらに詳しい情報が必要な場合はお知らせください。

R の系統樹のヒント ラベルを変更したいのですが、異なるヒントに異なるシンボルを持たせるにはどうすればよいですか?

既知の回数繰り返したいプロセスがありますが、問題があります。最初の反復は元のデータセットを使用し、次は最初の結果を使用し、次は 2 番目の結果を使用する必要があります。

いくつかの背景: データセットは typephyloであるため、ループappend内の関数forは意味がありません。以下が実際のコードです。

上記のハードコーディングを防ぎ、どういうわけか、系統樹のヒント名を含む特定のリストをループしてドロップできるようにしたいと思います。

ありがとう！

ape パッケージの plot.phylo コマンドを使用して、R の系統発生タイプのプロットのエッジ (線) に色を追加しようとしています。この例は「ファン」タイプのプロット用ですが、アプローチは「フィログラムタイプ」などと同じになると思います。

グループのセットに基づいてヒント (ラベル) に色を追加することは、tip.color オプションと cutree コマンドを組み合わせれば問題ありません。

edge.color オプションは、エッジの色を定義しますが、多くの色が必要な場合はログイン式ではありません。

ただし、デンドログラムのブランチが特定のグループに向けられたら、端を端末の先端の色と一致させたいと思います。与えられた例では、赤と青のグループに向かって、エッジの最初のレベルは黒のままですが (赤と青の 2 つのグループに向かっているため)、これを超えるエッジは最終的な先端の色と同じ色になります。

as.phylo オブジェクトの $edge 値の順序を理解することが鍵だと思いますが、自分では理解できません。ありがとう。

Python ライブラリ (Bio.Phylo および DendroPy) を使用して系統発生に取り組んでいます。

2 つのツリーを Newick 形式でインポートし (これは明らかに難しい部分ではありません)、それらを結合する必要があります。より正確には、1 つのツリーを別の先端/葉に追加する必要があります。

DendroPyadd_childのメソッドとnew_childメソッドを試しましたが、成功しませんでした。

どうすればこの問題を解決できますか?

PythonライブラリBiopythonとPhylo.draw()を使用して、系統樹に完全な長さのラベルを付けようとしています。

newick ファイル形式をインポートして描画し、保存します。

しかし問題は、Phylo.draw がラベルを 40 文字でカットすることです。

この組み合わせで完全な長さのラベルを表示できます:

コードソースを見たり、ドキュメントを読んだり、この関数が長いラベルをカットする方法や、カットラベルをフルレングスのラベルに置き換える方法がわかりません。それらがオプションであることはわかりlabel_func=str ますbranch_labels=Noneが、方法がわかりませんこれを使って。

テスト用にコピーしてテキスト ファイルに貼り付けることができるデータ:

編集：コメントの後、タイトルを編集し、「png」を「svg」に置き換え、軸を非表示にして画像を追加します。

こんにちは。トカゲデータの系統解析を行っています。系統樹を R の「ape」パッケージにインポートしました。2 つの種についてデータが不足しているため、drop.tip 関数を使用して、次のようにして木のデータを種の特性データに一致させました。

ただし、系統発生 gls を実行しようとすると、警告/エラー メッセージが表示されます。コードと何が起こるかは次のとおりです。

gls 関数は、前述の drop.tip コマンドを考慮していないと推測しています。データが欠落している2つの種を考慮しながら、glsがデータフレームをツリーに一致させるようにこれをコーディングする方法はありますか? 前もって感謝します。

R で最大節約アルゴリズム (サル ライブラリの pratchet()) を使用してブートストラップ分析を実行しています。ルート化されていないツリー (pratchet() 関数を使用して作成) で分析を実行すると、ブートストラップは正常に実行されます。しかし、ブートストラップのサポートを見つける前に、ブートストラップされた各ツリーをルート化したい場合、100 個のツリーのいずれかでランダムにルート化するとエラーが発生します。これは、2 分割またはクレード サポートを計算するためのコードを呼び出す前に発生することに注意してください。

近隣結合アルゴリズム (サルの nj()) を使用すると、ルート化またはダウンストリームのブートストラップではまったく問題はありませんが、アウトグループを使用して節約ベースのツリーをルート化するときに (ランダムに) 発生するようです。私が観察した奇妙なことは、ルート化する前に（ルート化中にエラーが発生した場合に備えて）ルート化されていないツリーをファイルに書き込み、後でそれらをルート化したい場合、完全に正常に動作することです。

これがコードです。私は分析に使用しています。

これがスタックトレースとエラーです