問題タブ [phylogeny]

系統発生学の作業に R を使用するのは初めてで、それができるかどうか疑問に思っていました。それはかなり些細な仕事のようで、これには非常に小さなコードが必要だと思いますが、私はそれを成し遂げることができません. どんな助けでも大歓迎です！

言語系統学を使用して R でいくつかのプロットを作成しています。系統発生の末端ノードの後に​​正方形の行をプロットし、それらに色を付けて変数の数を表したいと思います。

正方形を作成しましたが、正しい順序で色を付けるのに問題があります。

「phylo」オブジェクトはノード ラベルをアルファベット順に並べますが、アルファベット順にはプロットされません。チップ ラベルの順序を、系統発生にプロットされた順序 (上から下または下から上) で取得する方法はありますか?

ありがとう、

サム

DendroPy の既存のツリーにノードを動的に追加してツリーを作成したいと考えています。だからここに私が進んでいる方法があります、

これで、分類群ラベル 8 と 3 を持つ 2 つの子を持つ小さなツリーが作成されます。次に、分類群ラベル 3 を持つノードに新しい葉を追加します。そのためには、ノード オブジェクトが必要です。

その時点で、ノードの属性である add child 関数を使用したいと思います。

しかし、t1 のすべてのノード オブジェクトを印刷しているときにノードを追加した後でも、初期化された唯一の子 8 と 3 が返されます。dendropy の既存のツリーにノードを追加する方法を理解するのを手伝ってください..

ここで t1 を出力すると、ツリーが表示されます。しかし、要素を追加した後でも、追加されたオブジェクトが見つかりませんでした。たとえば、

5に関連するオブジェクトを返していません。

異なる色の幾何学的形状として表される系統発生のヒントに文字データを表示する方法を知っている人はいますか?
私はこのようなものを探しています:
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0086231#pone-0086231-g003

いくつかの R パッケージを試しましたが、それを行う簡単な方法が見つかりませんでした。
何か案は？
ありがとう！