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以下のように、Newick Format で記述されたツリーである 1 つの項目で構成される Python のリストがあります。

ツリー形式では、これは次のように表示されます。

リスト アイテムを調べて ID (BMNHxxxxxx) を返すコードを作成しようとしています。ID (BMNHxxxxxx) は枝の長さ 0 (または <0.001 など) で結合されます (赤で強調表示)。次のような正規表現を使用することを考えました。

別の StackOverflow 回答から取得したように、項目 A は常に : の後に分岐の長さが表示されるため、項目 A は「:」になり、項目 B は「,」または「)」または「;」のいずれかになります。これらはそれを区切る3文字ですが、正規表現でこれを行うのに十分な経験がありません。

この場合、分岐長 0 を使用することで、コードに ['BMNH703458a', 'BMNH703458b'] を出力させたいと考えています。これを変更して、たとえば 0.01 のユーザー定義値のブランチ長で結合された ID も含めることができれば、非常に便利です。

誰かが意見を持っているか、有用な答えを教えてくれるなら、私はそれを高く評価します.

ファイルに次のスクリプトがあります（「temp.R」と呼びます）：

実行するRscript temp.Rと、いくつかの結果が得られます。

ただし、R を実行してから実行すると、次のようになります。

次のエラーが表示されます。

と の間に違いがRscriptありsource、一方が機能し、もう一方が失敗する理由を知っている人はいますか? version参考までに、Rで実行した場合の出力を次に示します。

更新:Rscript temp.R数回実行すると、実行時と同様のエラー メッセージが表示されることがありますsource。

Rで系統発生の端に沿って任意の場所に記号（十字）を描きたい.

その木を見てみましょう：

ツリー.モッド

hg19 の先端に記号を付けてプロットします。

ヒントは簡単です。「x」値は完全な枝の長さで、「y」は 1,2,3... です。

しかし、loxAfr3-triMan1 のような内部ノードに対してそれを行う方法がわかりません。「x」はありますが、「y」が見つかりません...

任意の入力を歓迎します!

{pegas} の haploNet 関数を使用してハプロタイプ ネットワークをプロットしようとしていますが、同じ円グラフに異なる集団からの等しいハプロタイプを配置するのに問題があります。次のスクリプトでハプロタイプ ネットを構築できます。

各分類群の元の集団のラベルを dnabin データに設定したいので、結果のネットワークで (異なる集団からのハプロタイプの) 異なる色の円グラフを作成できます。結果のハプロタイプ ネットワークで重複する円も削除したいと思います。

助けてくれてありがとう！

例：

このスクリプトは、{pegas} を使用してハプロタイプ ネットワークを構築するために使用されます。大きな円は、あるタイプのより多くのハプロタイプを表しています。ハプロタイプの起源を dnabin マトリックスに設定する方法を知りたいので、ネットワーク内で異なる色で表示されます。