問題タブ [bioperl]

参照ファイル

ファイル1

ファイル2

参照ファイルを除いて、6 つの同様のファイルがあります。

ここで、最初の 3 つのフィールドは参照ファイルに似ています。したがって、6 つのファイルすべてから 4 番目の列のみをエクスポートし、参照ファイルに入れて新しい出力を作成したいと思います。これは、参照ファイルと同等である必要があります。一致しないところはゼロにします。

希望の出力

注:参照ファイルの長さは約 2000 で、他のファイルは常に同じ長さではありません (約 500、400、200、100 など)。そのため、ゼロを追加する必要があります。

この質問から答えを試しました

しかし、機能していないようです — 一部の値が見落とされています。そして、一致しないところにゼロを追加する方法がわかりません。

PNGファイルを作成しようとしています。

以下のスクリプトは、エラーを返さずに実行されます。出力ファイルは表示tester.pngできません (また、cmd ウィンドウに添付テキストが出力されます)。

このスクリプトで生成された PNG ファイルを表示できない理由がわかりません。

Active Perl (5.18.2) と Strawberry Perl (5.18.4.1) の両方を使用しましたが、同じ問題があります。エラーは発生していませんが、Strawberry Perl をインストールの一部libgdとして試してみました。libpng何かアドバイス？

私は Bioperl スクリプトを適応させて、fasta ファイルの特定の位置でヌクレオチドを変更し、変更された配列を含む新しいファイルを出力しようとしています。

fasta 入力の例:

ファイルを変更するヌクレオチド位置の例:

私のスクリプトの出力は次のようになります。

これは私の現在のスクリプトです：

これは現在、配列IDと新しいヌクレオチド（ヌクレオチド変更ファイルの4列目から取得）を含むファイルのみを出力しますが、ヌクレオチド変更を組み込んだ新しい配列が必要です.

申し訳ありませんが、私は Perl についてほとんど知識がなく、Bioperl を使い始めたばかりです。このスクリプトを変更する方法についてアドバイスをいただければ幸いです。出力が fasta 形式である場合はさらに良いでしょうか? 他の人のスクリプトを適応させているので、ここまでしかできませんでした! ありがとう。

次のように以前にインデックスが作成された perl のプレインデックス ファイルをリロードしたいと思います。

別のスクリプトで、既存のインデックス付きファイルを再読み込みしたいと思います。

./script.pl hg19.fa.index 入力

説明ではそれはsyas

しかし、次のエラーが返されます。

もう一度使用する場合は、2 番目のスクリプトで:

すぐに次のステップに進みます。すでに存在を認識しているということですか？

次のファイルは、ペアエンドの fastq ファイルの 2 つのメイトです。各 fastq を長さに基づいて分けたいと思います。

mate1.fq:

mate2.fq:

これを行うために次のコードを書きましたが、2 番目のファイル ( mate2.fq) でのみ奇妙なエラーが発生しますが、どちらも 151 bp の読み取りがあります。

エラー:

Can't use string ("151") as a symbol ref while "strict refs" in use at

これらのファイルを処理するにはどうすればよいですか?

bioperl モジュールに変換したい perl プログラムがあります。それ、どうやったら出来るの？最新のチュートリアルはありますか? 本当に必要なのはそれだけです。

ありがとうございました。