問題タブ [bioperl]

Eclipseを使用してbioperlを実行しようとしました。

私が実行しようとしたコードは次のとおりです。

そして、私は次のエラーを受け取りました：

C：/ 2ndSemester / BIO424-DevelopBioinformaticTools / PerlPrograms / BIOPerlExamples / TestBIOPerl1.plの3行目で、パッケージ「BIO :: Seq」を介してオブジェクトメソッド「new」を見つけることができません（おそらく「BIO :: Seq」をロードするのを忘れましたか？） 。

このエラーが発生した理由を誰かが知っていますか？

私は bam ファイルを持っており、それを操作するために bioperl (Bio::DB::Sam) を使用しています。このファイルのアラインメントにタグを追加する可能性はありますか?

私が使う

アラインされた読み取りをループします。今、私は次のようなものを探しています

さよなら

メイン文字列でn個の不一致を許容する文字列で可能な限り長い部分文字列を見つけるための効率的な解決策を探しています

例: 主弦

1. AGACGTAC TACTCTACT AGATGCA*TACTCTAC*
2. AGACGTAC TACTCTACT AGATGCA*TACTCTAC*
3. AGACGTAC TACTCTACA AGATGCA*TACTCTAC*
4. AGACGTAC TACTTTACA AGATGCA*TACTCTAC*

検索文字列：

1. TACTCTACT : これは、上記のメイン文字列のすべてに一致すると見なされます。

また、部分文字列の一部がメイン文字列の最後にある場合もあり、それも取り上げたいと思います。

何点かご教示いただければ幸いです。

PS: 1 つの検索文字列と、部分文字列を検索するための約 1 億のメイン文字列があります。

ありがとう！-アビ

予備のGenBankフラットファイルを解析する必要があります。シーケンスはまだ公開されていないので、アクセッションで調べてFASTAファイルをダウンロードすることはできません。私はバイオインフォマティクスに不慣れなので、誰かがこれを自分で行うためのBioPerlまたはBioPythonスクリプトを見つけることができる場所を教えてもらえますか？ありがとう！

SNP データと遺伝子リスト データがあります。gen list と比較するとき、gen list データの中で SNP cotain の位置を探しています。例えば：

1. SNP データ :

   /li>

2. 遺伝子リストデータ:

   /li>

3. 結果: SNP の 14185 の位置に、gen リストの 16185 の位置に含まれています。

以下は私のコードですが、番号の並べ替えに問題があります。

何点かご教示いただければ幸いです。

「データ 1」と「データ 2」の 2 つのデータ セットがあります。「データ 1」の各ポジの値について、ポジが Star_posi と end_posi の間にある「データ 2」の範囲を見つけるのを手伝ってくれませんか。

データ 1

データ 2

出力

1. star_posi 1 と end_posi 10 の間の Data 2 に含まれる、posi 2 の Data 1。
2. star_posi 3 と end_posi 15 の間の Data 2 に含まれる、posi 14 の Data 1。

Data 1 の値が Data 2 の行の範囲に含まれる Data 2 の行を特定したい。以下のスクリプトを作成しましたが、うまくいきませんでした。

参考になれば幸いです。

提案してください、0から始めたいです.Rの経験があります.

apche2サーバーでローカルブラストプログラムを実行しています...しかし、エラーが表示されます。 - - - - - - - - - - - 警告 - - - - - - - - - - -

MSG：blastallへのパスが見つかりません

私のコードは..

私がターミナルで同じコードを実行しているとき、それはうまく機能しています...そしてmwの正しい結果を示しています....plは私を助けます..apche2サーバーでローカルbalstプログラムを実行する方法.....

Perl（BioPerlではない）に2つの連続する各文字の数を見つける方法はありますか？

つまり、次のAA, AC, AG, AT, CC, CA, ...ようなシーケンスの数：

PS：正規表現、つまりシーケンス内のGCの数を返す$ GC =（$ sequence =〜s / GC / GC / g）を使用して、手動で作成できます。

自動化された一般的な方法が必要です。

他に何を試すべきか本当にわからないので、私は純粋な絶望からこのメッセージを投稿しています. 私は bioperl の初心者で、MolQuest fgenesh から取得した結果を解析するスクリプトに取り組んでいます。結果は .txt 形式で出力されます。これらを GFF および fasta ファイルに解析して、mRNA およびタンパク質配列を取得し、他の結果との比較を容易にしたいと考えています。そこで、Bio::Tools::Fgeneshモジュールを見つけ、それを使ってスクリプトを作成しています。問題は、私の ubuntu PC で BioPerl が動作しないように見えることです。

http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_for_Unixの指示に従いました。CPAN を root モードで (そうしないと動作しません)、CPAN 経由で BioPerl をインストールすることができました。すべてのテストは問題ありませんでしたが、このスクリプトを実行してインストールをテストしたところ、

「@INC で Bio/EnsEMBL/Registry.pm が見つかりません」というエラーが表示されました。

ルートとして実行しているBuild.PLを介してBioPerlを再度インストールしようとしましたが、それでも同じ結果になりました。

助けてくれてありがとう