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BioPerl モジュールを使用して、一連のパラメーターから文字列を取得しています。HOWTO:Beginners ページをフォローしました。モジュールは明らかにハッシュ オブジェクトを返します。ハッシュオブジェクトから実際の文字列を取得するにはどうすればよいですか?

データ ダンパーは次のように出力します。

に格納されている「seq」を取得するにはどうすればよい$prot_objですか?

私は試した

しかし、何も印刷されません。データ ダンパーは という単語を出力しblessました。おそらくseqオブジェクト指向変数のフィールドです。

Perl モジュールの新しいオブジェクトに渡すことができる引数/パラメーターを表示するにはどうすればよいですか? 私はたいてい CPAN に行き、SYNPOSIS私がやろうとしていることの例についてセクションを見ます。しかし、それらが提供する例と説明は必ずしも包括的ではなく、モジュールを使用している他の人々の例を探す必要があり、誰かが私と同じようにモジュールを使用しようとしたことを願っています.

ここで私が使用しようとしている最新のモジュール

に渡すことができるパラメータの完全なリストを表示するにはどうすればよいですかBio::DB::GenBank->new()。オブジェクト/オブジェクト/モジュールの定義を表示する方法はありますか? それともオブジェクトのコンストラクターですか?

編集: CPAN からモジュールをダウンロードし、モジュール内のコードを自分でオブジェクト パラメーターについて調べることができることに気付きましたが、誰かがそれを行うためのより良い方法があるかどうか疑問に思っていましたか?

ensembl API のインストールに問題があります。Web サイトのインストール ガイドを使用しています。まず、DBI と DBD の mySQL モジュールを入手するのに苦労しましたが、perlbrew を使用すると問題はなくなりました。ただし、ping を実行すると、次のエラー メッセージが表示されます。

私の知る限り、インストールガイドに従いましたが、オンラインで他に役立つものは見つかりませんでした。どんなアドバイスでも大歓迎です。

ppm 経由で Bioperl1.6 をインストールし、ローカル ホストの cgi-bin フォルダーに .pl ファイルを配置しました。URL http://localhost/cgi-bin/bio2.plでこれを実行する と、「Internal Server Error」と表示されます

一方、CGI または .pl のいずれかで bioperl ファイルを実行すると、Internal server error と同じエラーが発生します。

このコードを cmd で実行すると、genebank cant be found excptn と表示されます。

perl cgi で bioperl を実行する方法を教えてください。

行を連結するにはPerlスクリプトが必要です..

1000 以上の遺伝子名 (>pmpI) とその機能 (多形性外膜タンパク質) が別の行にあり、遺伝子の機能を遺伝子名の近くに結合したいと考えています。後で参照できるように視覚化して保存します。

例: ファイルの内容は次のようになります

私は手動でExcelで手動でやろうとしましたが、多くのファイルでは不可能なので、プログラマーの助けを借りることを考えました..

行を連結するにはPerlスクリプトが必要です

プログラムの出力は次のようになります。

以下のスクリプトを実行しようとしています。しかし、私はエラーが発生します:

------------- 例外 ------------- MSG: clustalw の実行可能ファイルが見つかりません。path="clustalw.exe" STACK Bio::Tools::Run::WrapperBase::executable C:/Perl64/site/lib/Bio/Tools/Run/ WrapperBase.pm:340 STACK Bio::Tools::Run: :Alignment::Clustalw::_run C:/Perl64/site/lib/Bio/Tools/Run n/Alignment/Clustalw.pm:752 STACK Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C: /Perl64/site/lib/Bio/Tools/R un/Alignment/Clustalw.pm:515 STACK トップレベル a.pl:29

perl に私の を見つけさせる方法はclustalw.exe?

最初に環境変数を設定することで、すでにそれを行っていると思います$ENV{CLUSTALDIR}。

Bio::DB::Sam を使用する Perl5 コードを実行できるように、Mac で biotools を動作させようとしていますが、うまくいきません。

• マック OS X 10.10.4

• パール5.18.2

• INSTALL の指示に従ってアップグレードされた CPAN

• 「brew install expat」は、expat-2.1.0_1 が既にインストールされていることを教えてくれます

• 「sudo perl -MCPAN -e シェル」

• 「CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz をインストール」

• 「Bio::DB::GFF または Bio::DB::SeqFeature::Store ライブ データベース テストを実行しますか?」=>「ん」

• すべてインストール

• 'インターネット経由のサーバーへの接続を必要とするテストを実行しますか' => 'n'

最終的に取得します（一部の行は削除されています）：

その後、次のようにテストします。

そして得る：

GitHub から bioperl-live を複製し (リビジョン 73c446c69a77 に同期)、その方法でインストールしようとすると、同じ結果が得られます。

次の方法で samtools 0.1.18 をインストールしたことに注意してください (クラスターのバージョンと一致させるため)。

• .tar.gz のダウンロード

• 「make」を実行しています

• 「samtools」、「bcftools/bcftools」、および「misc/*.pl」を、私のパスにある ~/debarcer-packages/bin にコピーします。

その後、私はこれを取得します：

このビルドでは、samtools-0.1.18 Makefile に .so ファイルを生成する必要があるように見える (おそらく?) ルールがあるにもかかわらず、「.so」ファイルが生成されませんでした。

こんばんは、私は fasta ファイル内のシーケンスの数をカウントする bioperl コードを持っていますが、任意の fasta ファイルで 20 より短く、120 から長いシーケンスをカウントするようにコードを変更しようとしています。コードは以下です

CPAN を起動しようとするたびに Mac で発生するエラーについて、アドバイスが必要でした。マシンに BioPerl をインストールしようとしていますが、cpan を起動するか、次のコマンドを実行しようとするたびに:

perl -MCPAN -e shell

エラーが発生しますSegmentation fault: 11。コマンドの前にsudo. これは、次の手順に従って Mac (OS X El Capitan) に BioPerl をインストールしようとした場合と同じです。

git clone https://github.com/bioperl/bioperl-live.git cd bioperl-live perl Build.PL)

何が起こっているのか、何をすべきか、何を心配すべきかについて誰かアドバイスはありますか? 私は決して開発者ではありません。私のような初心者への説明は大歓迎です。

乾杯、マット

BioPython を使用して Perl コードを Python コードに変換しています。

私は次のようなものを得ました：

Biopythonで同様の機能を探しています。このようなことはありますか？