問題タブ [bioperl]

を使用して、アラインメントされた配列を1つずつfastaファイルにエクスポートしようとしていますBio::SeqIO。その結果、シーケンスは60列ごとに新しい行で分割されます。どうすればそれを回避できますか？
シーケンスを「ワイド」形式でエクスポートしたいのですが、シーケンスに改行がないようにします。

私のコードは大まかに：

BioPerl に読み込んでいる系統樹があります。ツリーを出力するときにノードを垂直方向に並べ替えるために、カスタム ソート関数 (以下の「$depth_sort」) を使用したいと考えています。ただし、以下で使用される文書化された方法は、実際にソートせずに、読み込まれたのと同じ順序でツリーを書き出します。

代わりに、ツリーを手動で繰り返し処理して、何が起こっているかを確認できます。ローカルで独自の並べ替えを行うと、期待どおりに機能します。

しかし、カスタムソートを each_Descendent に渡すと (上記の書き込み呼び出しが想定されている方法):

次に、次のメッセージで終了します。

treeFlipper.pl 行 7、行 1 で未定義の値に対してメソッド「depth」を呼び出すことはできません。

ここで、正しい軌道に乗っていると思われる別のスレッドを見つけましたが、まだ解決していません: Perl sorting; 名前空間全体で $a、$b パッケージ グローバルをきれいに処理する

最初の回答でプロトタイピング方法に切り替える:

私に与えます：

treeFlipper.pl 行 9、行 1 の unblessed 参照でメソッド「depth」を呼び出せません。

しかし、参照タイプを確認すると、それは正しいようです:

与える

参照を強制的に祝福しようとすると（これはおそらくひどいことです）：

私は得る：

/usr/local/share/perl/5.14.2/Bio/Tree/Node.pm の 433 行目、1 行目の HASH リファレンスではありません。

そのスレッドの他のメソッド (呼び出し元を使用) では、同じ古い「未定義の値」エラーが発生します。

これは BioPerl の問題ですか、それとも (私が推測するように) まだ何か足りないのでしょうか? ありがとう！

編集：Ubuntu 12.04 LTSでPerl 5.14.2を使用

私は 1 つの fasta ファイルと 1 つのテキスト ファイルを持っています。 fasta ファイルには fasta 形式のシーケンスが含まれ、テキスト ファイルには遺伝子の名前が含まれています。'>' 記号の後の fasta ファイルのシーケンスの名前をテキスト ファイルの遺伝子名に置き換えたいと思います。私はスクリプトを書いていますが、なぜそれが機能しないのかわかりません。誰かが私を助けてくれますか?

私のファイルは次のようになります。

annot.txt

pool75_contig_389 ユビキチン リガーゼ
e3a
_

goat300.fasta

perl を使用してジーンバンク データベースからシーケンス ファイルをダウンロードしようとしていますが、エラーが表示されます。プログラムを修正するためのガイドがありません。

誰でもこれで私を助けることができますか? エラーは 6 行目 ( use Bio::DB::GenBank;)にあります。

ファイル accnumber.txt はデスクトップにあり、デスクトップ自体からプログラムを実行しています。CentOSを使用しています。

これらは私が得るエラーです:

Bioperl を使用して 'mpileup' を実行するにはどうすればよいですか?

Bio::Tools::Run::Samtools を使用して mpileup を実行しようとすると、「mpileup」が登録されていません。私は何を間違っていますか？正しい方向へのポインタは大歓迎です...ありがとうございます.....

大きな EMBL ファイル (>1G) を解析して、gff ファイルに変換しています。一部のエントリが従来の embl 形式と一致しないため、bioperl モジュールが例外をスローします。私の質問は、エラーのあるエントリはシーケンス全体のごく一部にすぎないため、スクリプトを続行して、今のところ例外を無視したいということです。しかし、perl スクリプトは例外によって常に停止していました。

Linux OS と perl バージョン 5.8.8 を使用しています

私のperlスクリプト

私が得たエラー

注: 例外を 2 回投稿しませんでした。このように発生しただけで、例外が 1 つだけキャッチされたようです。

これが問題の原因となるemblファイルのブロックです。mRNA エントリが最初の例外を引き起こし、CDS が 2 番目の例外を引き起こします。

Build.PL ファイルを実行しようとすると、次のエラー メッセージが表示されます。

ただし、実行すると：

私は得る：

誰かが私がここで間違っていることについて何か考えがありますか?

bioperl-live パッケージを実行しようとしていますが、次のリポジトリを git-cloned しました

そして、それがインストールされた bio-perl live に cd しました。私はそれから実行しようとしました：

私が戻ってくる：

だから私はcpanシェルを開いて、cpanから実行すると:

ビルドを繰り返して、同じエラーが発生します。上記の git リポジトリ (自分で確認したい場合はhttps://github.com/bioperl/bioperl-liveにあります) のクローンを作成して、同じ問題が発生した場合はお知らせください。

これは、他のパッケージの他の Build.PL ファイルでは発生しないことに注意してください。問題なく動作します。その git リポジトリには、破損または欠落しているものが必要です。

ありがとう

更新 - perl -wle 'use Test::Most' を実行すると

私は得る：

@INC で Test/Most.pm が見つかりません (@INC には次が含まれます: /home/arron/src/bioperl-live /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.12.4 /usr/local/share/ perl/5.12.4 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.12 /usr/share/perl/5.12 /usr/local/lib/site_perl .) at -e 行 1. BEGIN失敗 -- コンパイルは -e 行 1 で中止されました。enter code here

また、root としてインストールするように cpan を構成してから、Test::Most をインストールしても違いはありません。大騒ぎ！

Bio::DB::EntrezGeneからのモジュールを使用してBioPerl、数値 ID を指定して Entrez 遺伝子名を取得しています。

これは数か月間は問題なく機能し、最近では 2 週間前まで機能していました。しかし、最近はエラーしか返しません。

(私にとって) 最も奇妙なことは、ドキュメントからサンプル コードを実行しただけでも、これが発生することです。たとえば、これを実行すると:

私はこれを得る：

何が起こっているのか、それを修正する方法について誰かがアイデアを持っていれば、それは大歓迎です. ありがとう！