問題タブ [bioperl]

基本的に、GenBank ファイルは、以下に示す 2 つのように、遺伝子エントリ (「遺伝子」とそれに続く対応する「CDS」エントリ (遺伝子ごとに 1 つだけ) で発表されます。タブ区切りで locus_tag と製品を取得したいと思います。 2 列のファイル 'gene' と 'CDS' の前後には必ずスペースが入ります。

前の質問でスクリプトが提案されました。

問題は、「product」の名前に「/」文字が含まれていることがあるため、このスクリプトと競合しているように見えることです。これは、私が理解できる限り、「/」をフィールドセパレーターとして使用して情報を配列？

このスクリプトを変更するか、別のスクリプトを作成して、これを解決したいと思います。

次のような FASTA ファイルを手動でダウンロードできます。

「Send to」をクリックして「Gene Features」を選択すると、このページで FASTA Nucleotide が唯一のオプションになります (これで十分です) 。

次のようなスクリプトを使用します。

次のようなファイルを取得します。

ゲノム配列全体がひとまとめにされています。最初の (手動でダウンロードした) ファイルのような情報を取得するにはどうすればよいですか?

私は他のいくつかの投稿を見ました：

• biopython entrez.esearch で完全なゲノム配列をダウンロードする方法(この回答は関連があるようです)
• アクセッション番号だけで GenBank ファイル全体をダウンロードするにはどうすればよいですか?

EUtilities Cookbook のこのセクションと同様に。

GenBank ファイルを取得して保存しようとしましたが (取得した .gb ファイル内の遺伝子ごとに個別の配列があるように見えるため)、Bio::SeqIO を使用して作業すると、大きな配列が 1 つしか取得されません。

cpanm 経由で BioPerl モジュールをインストールできません。と

出力には次のように表示されます。

--force を追加すると、次のように表示されます。

では、BioPerl を適切に使用できるかどうかはわかりません。テストが失敗したことを単に無視できますか? 私はすでにCPANを再インストールしようとしました

CPANプロンプトで、しかし結果は同じでした。私はPerl V5.14.2で作業しており、cpanm -vは私をもたらします:

私は完全に Linux の初心者なので、どんな助けにも満足しています。

root なしで の新しいバージョンを PC にインストールしようとしたところBioPerl、必要なモジュールのバージョンが古すぎるというエラーが表示されました。したがって、それらをカスタムディレクトリにインストールしました。

インストールの --install_base の横にライブラリ パラメータを設定する可能性はありますか? README と INSTALL の説明では、 を使用したインストール用に提供されているだけですcpanが、これは私にはオプションではありません。

ありがとう

私の試み：

1.

2.

3.

バージョン 5.20.0 の Perl 環境に Bioperl パッケージをインストールしようとしていますが、うまくいきません。ウェブサイトのアイデアと提案はさまざまで、私にとっては不安になります。Ubuntu 12.04LS に Bioperl をインストールするためのプロトコルを教えてください。