問題タブ [bioperl]

私は bioperl をインストールしましたが、それを入手する場所と bioperl プログラムを実行する場所を混乱させました。アライメント。

エラーが発生しました

@INC で Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm が見つかりません (@INC には次が含まれます: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 /usr/local/share/perl/5.14. 2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 /usr/local/lib/site_perl .) msa.pl 行 3. BEGIN に失敗しました-- msa.pl 行 3 でコンパイルが中止されました。

私はこのコードを持っています

この方法でシーケンスを印刷することを期待していますseq_id TAB sequence。ただし、このコードは空のファイルを出力します。何が起こっているか知っていますか？

この質問は「BioPerl」に関するものですが、おそらくそれよりも一般的な質問だと思います。

基本的に、私はBio::Tree::TreeIオブジェクトを作成しました。それを文字列変数に変換しようとしています。

それを文字列変数に変換する唯一の方法は、次を使用してそのツリーをストリームに書き込むことです。

->write_tree の出力は「ツリーをストリームに書き込みます」ですが、 Bio::TreeIOの関数から文字列を返す別の方法が見つからないため、文字列変数でそれをキャプチャするにはどうすればよいですか

0,1PCA、GWASなどの統計的なダウンストリーム分析を実行するために、MedLineファイルをテーブルとして解析しようとしています.Bio.Medlineと呼ばれるPythonモジュールをいくつかの追加のシェルコマンドで使用してフォーマットしました。さて、続きがわかりません。

File 1, - 1 行に 1 つの紙とタブで区切られたキーワードを含むキー値ファイル - を、折りたたまれたキーワードと、1 または 0 の値として表示されるキーワードの有無を含むファイルに変換する必要があります。

Perl でこれを行いたいのですが、他のソリューションも歓迎します。

ありがとう、ベルナルド

File 1:

望ましい出力:

Biomart Perl API を使用して、Web サーバーからデータをダウンロードしています。ときどきエラー メッセージが表示されることがあります: Web サーバーの問題: 500 読み取りタイムアウト。どういうわけかこのエラーをキャッチして、ファイルを再度ダウンロードすることはできますか?

以下の .gtf ファイルがあります。4 つの変数 (染色体、開始/停止コドン、転写 ID) のみを抽出する必要があります。

私の質問は、スクリプトが選択したファイルで動作することをどのように認識しているのかということです。

使用しましたか:

(1)my $file = 'transcripts_selected.gtf'

(2) このスクリプトを使用して、分割されたデータを抽出することもできます。

またはすべき：

BioSeq->new(-chromosome_number, -start_codon...)方法は？

(3) 最後に、このスクリプトは BioperlHOWTO から取得したものです。

• .gtf ファイルの名前をここに配置し、選択したデータを含む新しいファイルの名前を $outfile と置き換える必要がある変数 $infile/$outfile はどこにありますか?

私はかなり perl に不慣れで、BioPerl に非常に慣れていないので、これが些細な質問のように思えたら、申し訳ありません。Bio::AlignIO と Bio::SimpleAlign を使用して、参照配列 (この場合はヒト mtDNA 参照配列) に対する目的の配列のペアワイズ アラインメントを生成します。アラインメントを fasta 形式で問題なく生成できますが、ウェブツール Haplogrep ( http://haplogrep.uibk.ac .at/index.html）。これをループとして実行することを想像できます。これにより、参照配列の各塩基を調べ、参照内の位置がクエリ配列と一致しない場合は、クエリ配列に存在する位置とヌクレオチドを記録します. ただし、アライメントの一部として生成された Bio::AlignIO オブジェクトからこれを行う方法がわかりません。これが私がこれまでに持っているコードです:

簡単な例を挙げると、次のようなアラインメントを生成したとします。

次に、次のような出力を生成します。

その方法を理解するのを手伝ってくれる人はいますか？これを行うためのより良い/簡単な方法に関する一般的なコメントも大歓迎です。