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多くの複数のアラインメントを自動化するためのperlスクリプトがあります（最初に1つのファイルと1つの複数のアラインメントのみでスクリプトを作成していますが、大きなものです。その後、複数のファイル用に変更できます）結果のファイルを出力したいのですが、 AlignIO の使用方法が不明です: これまでのところ:

アラインメントが完了すると、プロセスから取得したいアラインメントである $aln が fasta ファイルとして作成されます。次のようなことを試しました。

おそらく、メソッド next_aln() は AlignIO のものにのみ適用され、$aln はおそらく適用されないため、機能しませんでした。したがって、行によって生成されるものとmy $aln = $factory->align($seq_array_ref);、整列されたシーケンス出力をファイルに取得する方法を知る必要があります。私の次のステップは、ツリー推定またはネットワーク分析です。

ありがとう、ベン。

次の fasta ファイルがあります。

FASTA をループして、タンパク質配列をすべての 'R' で分割します。これにより、ペプチドが生成され、ペプチドが blastp されます。blastp から結果を取得し、fasta ファイル内のタンパク質 ID ごとに個別のファイルに blastp の結果を保存します。使用言語については特にこだわりはありません。その上にさらに多くの機能を構築できるように、これを行う方法を学びたいです。ありがとう！

このコードは正常に動作していましたが、今度は不平を言います。genbank 構造は変更されましたか?

コードで述べたように、Perl モジュールを使用して、複数の情報セットを含むフラット ファイルから特定の行を取得しているため、Perl モジュールに関して問題がありました。(これは Bio::Parse のサンプル コードです) ::SwissProt.pm)。しかし、問題は、このコードで作業しているときはいつでも、Refs ステートメントに問題があることです。345行目で読み取り専用値の変更を試みたため、エラーが発生しています。c:/wamp/bin/perl/site/lib/bio/parse/swissprot.pm入力ファイルは次のようになります

入力ファイル(フラットファイル)

スクリプト部分 C:/wamp/bin/perl/bin/perl.exe

OUTPUTは次のようになります

私はPerlの初心者で、DNAヌクレオチドを含むサイズの異なる2つの文字列を比較しています。スクリプトで小さい方の文字列を取得し、それをはるかに大きい文字列に配置して、ミスマッチを許容し、大きい方の文字列と両側の隣接する 5 ヌクレオチドで見つかった配列を提供するようにします。

たとえば、2 つの文字列がある場合:

スクリプトで #1 を取得し、#2 に存在する同じ配列を見つけますが、2 つのミスマッチがあり、両側に 5 つのヌクレオチドがあります。

as_textメソッドを使用しようとしています。次のBio::Tree::Treeメッセージが表示されます: can't locate object method as_text via package Bio::Tree::Tree I'm using the example here

同じパッケージで他の方法を試したところ、正常に機能したことに注意してください。

次のprint Dumper($input)結果が得られます。

こちらがPrint Dumper ($tree)

間違いはありますか？それともバグですか？前もって感謝します

特定のタンパク質について Genbank にクエリを実行し、結果を fasta ファイルに出力するコードを BioPerl を使用して作成しようとしています。これまでのところ、コードは機能し、結果を画面に出力できますが、ファイルには出力できません。BioPerl Web サイトやその他のソース (CPAN、PerlMonks など) で多くの調査を行いましたが、問題を解決できるものは見つかりませんでした。ファイルから何かを読み取り、出力を新しいファイルに出力する方法は理解していますが (SeqIO を使用)、プログラムに読み取らせたいものがテキストまたは FASTA ファイルに保存されていないようですしかし、データベース クエリの結果です。ヘルプ？私は非常に初心者で、Perl/BioPerl とプログラミング全般に不慣れです。

これが私がこれまでに持っているコードです:

したがって、最後の行でやりたいことは、画面に出力する代わりに、fasta 形式のファイルに出力することです。

ありがとう、ジェイ

次の Perl コードを使用して Ensembl API に接続しようとしています。

Ensembl API を使用するには Bioperl と CPAN の両方が必要であり、これらが私の Ubuntu に正しくインストールされていることを確信しています。また、必要なモジュールを PERL5LIB 環境変数に追加しました。このすべてにもかかわらず、次のエラーメッセージが表示されます。

Ensembl データベースに接続するためにスクリプトが使用するレジストリ ファイルは次のとおりです。