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r - ビーガン パッケージで ordipointlabel 関数を使用してラベルを斜体にする
R の vegan パッケージの関数を使用してイタリック体のラベルを作成する方法を見つけようとしていordipointlabel()ます。私のポイントは種を表しているので、学名をイタリック体にしたいと思います。任意の支援をいただければ幸いです。
コード例:
ここで何が欠けていますか？
r - R vegan パッケージの NMDS プロットに矢印を含める
vegan パッケージを使用して、R で NMDS をプロットし、コミュニティの類似性を分析しています。これは、さまざまな処理を含むコミュニティ マトリックスに基づいています。
個々の種が治療にどのように反応するかを示すために矢印を描く方法を誰か教えてもらえますか?
r - TRUE/FALSE エラーの原因となる欠損値 (NA)
RStudio、R バージョン 3.0.1、Ubuntu 12.04 で分析を実行します。ビーガン パッケージ 2.0-8 の関数 envfit を使用して、環境要因 (envW) を分析 (MDSnsj) に関連付けています。私の環境データセット (envW) には多くの欠損値があります。この単純なコマンドを実行すると、次のエラー メッセージが表示されます。欠落している箇所に「NA」というテキストを入力しようとしましたが、同じエラー メッセージが表示されます。
エラーメッセージの意味を説明できる人はいますか? そして....これを修正する方法を知っている人はいますか? 前もって感謝します
リクエストされたものの推測
traceback()
MDSnsef<-envfit(MDSnsj, envW, perm=999, na.rm=TRUE)
デバッグ: envfit(MDSnsj, envW, perm = 999, na.rm = TRUE)
デバッグ: {
UseMethod("envfit")
}
r - R での DCA へのサイトの追加
以下のスクリプトを使用して種を表示する Detrended コレスポンデンス分析 (DCA) を作成しましたが、それにサイトを追加したいと考えています。の単純なスクリプトでこれを実行できることはわかっていますplot(vare.dca)が、グラフィックを改善した後はどうすればよいかわかりません。私はRを初めて使用するので、これが非常に単純な質問であれば申し訳ありません。助けてくれてありがとう！
「バグ」と「env」のデータはこちら: https://gist.github.com/anonymous/dcf0fad859eb879014b2
r - R で PCA を使用した非類似度測定の比較
いくつかの非類似性尺度 (Bray-Curtis、Jaccard、Gower) の動作を比較したいと思います。主成分バイプロットを使用してこれが行われるのを見てきました（つまり、以下の Legendre and Caceres、2013 を参照）。
これについてどのように行うかについての提案はありますか？以下に提供されるサンプルデータ：
r - ggplot2 を介して NMDS の楕円に特定の形状と線種を追加する
この非常に有用な質問と回答のフォローアップとして:
ggplot で NMDS プロットの信頼楕円をうまく重ね合わせることができました。ここで、プロット上のデータ ポイントの色と形状、および楕円の色と線種を指定して、4 つの処理を区別します。
NMDS はこちら:
Dat2 はここにあります:
私が試したコードは次のとおりです。
残念ながら、点と楕円の色だけが機能しているようです。楕円の線種とデータポイントの形状は変わらないようです。これを回避する方法について誰か提案がありますか?
どうもありがとう！