私はRに比較的慣れていないので、他のソフトウェアを使用する必要がないように、Rで調整手法を実行する方法を理解しようとしています。種の代わりに環境要因を使用して PCA を取得しようとしています。質的に (土地利用の点で) 異なるサイトがあるので、最終的なプロットでその違いを (異なる色で) 表示できるようにしたかったのです。したがって、私はパッケージビーガンでギャビンシンプソンの方法を使用しました. ここまでは順調ですね。そのために使用したコードも次のとおりです。

環境変数の矢印を配置プロットに配置しようとすると、問題が発生します。biplot や ordiplot などの他の関数を使用すると、2 つのタイプのサイトで異なる色を維持することができないため、それらを使用したくありません。ここでコマンドを使用すると：

素敵な矢印が表示されますが、前のコードで指定した環境変数 (5 行目) とは一致していません (場合によっては完全に反対です)。スケーリングを変更しようとしましたが、整列できません。

誰もその問題に対処する方法を知っていますか?

どんなヒントも役に立ちます。

R パッケージ veganvegdist()の関数を使用して、種の豊富なデータセットの関連付け行列を生成しています (生成される関連付け行列は 936 x 936 です)。この関連付けマトリックスをデータフレームにエクスポート/抽出/強制したり、 .csvとして書き込み可能な形式にしたりして、その後の分析に使用できるようにしたいと考えています。からの出力を後で調整したり、ヒート マップを使用して視覚化したりすることができることはわかっていますが( )、この場合は、生の関連行列を実際に見て操作できるようにしたいと考えています。vegdist()coldiss()

何か案は？この場合、非常に大きなデータセットであるため、サンプル データが本当に役立つかどうかはわかりませんでした。

私の問題はループ内にあります。大きなデータセット (DF) があり、そのサブセットは次のようになります。

ループの各反復 (so, ) を使用して、各サイトからi個人のすべての行をランダムに選択したいと思います。IDただし、重要なのは、各サイトから ID を 1 つだけにすることです。サイトの数に合わせて大規模なデータセットをサブセット化する別の関数があるためi=1、上記のサイトの 1 つだけ (たとえば) がサブセットに存在する場合。

このi=3投稿された例のように、101 のすべての行、および 102、103 または 105 のすべての行、および 108 のすべての行が必要な場合。

ddply()withのようなことができると思いますsample()が、ランダムに発生させることはできません。

どんな提案でも大歓迎です。ありがとう

ジェームズ

私は生態学者で、主にビーガン R パッケージを使用しています。

私は2つの行列（サンプルx存在量）を持っています（以下のデータを参照）：

マトリックス 1/ nrow= 6replicates*24sites、ncol=15 種の存在量 (魚) マトリックス 2/ nrow= 3replicates*24sites、ncol=10 種の存在量 (無脊椎動物)

サイトは両方のマトリックスで同じです。サイトのペア間で全体的なブレイ・カーティスの非類似度 (両方の行列を考慮) を取得したいと考えています。2 つのオプションが表示されます。

オプション 1、レプリケート (サイト スケールで) の魚類と大型無脊椎動物の存在量を平均し、2 つの平均存在量行列 (nrow=24sites、ncol=15+10 平均存在量) をバインドし、bray-curtis を計算します。

オプション 2、集合体ごとに、サイトのペア間のブレイカーティス非類似度を計算し、サイト重心間の距離を計算します。次に、2 つの距離行列を合計します。

よくわからない場合は、以下の R コードでこれら 2 つの操作を行いました。

選択肢 2 が正しく、選択肢 1 よりも適切かどうか教えてください。

前もって感謝します。

ピエール

ここにRコードの例があります

データの生成

オプション 1、存在量と cbind の平均化

オプション 2、重心間の集合距離ごとに計算し、2 つの距離行列を合計する

Gavin Simpson の fuse() を使用して 2 つの距離行列を合計する

2 つのユークリッド距離行列の合計 (Jari Oksanen 補正のおかげ)

さらに距離ベースの分析を行うには、以下の「coord.centroid」を使用します (正しいですか?)

オプション 1 と 2 の比較

数か月にわたる 4 つのサイトの種のデータがあります。R のパッケージを使用して累積グラフを正常に作成しましたがvegan、4 つのサイトすべてを 1 つのグラフにプロットしたいと考えています。

最初はすべてのサイトと月のデータ シートがありましたがspecaccum、結果をプロットすると、サイトに関係なくすべてのデータの累積曲線でした。

このため、各サイトを個別のデータ シートに分割し、R にロードしました。各データ シートの最初の行は種名で、その下の追加の各行は月です。

たとえば、私のサイトの 1 つ「FMR」のデータをロードしました。次に、次のことを行いました。

他のサイトについても同じことを行いましたPP, DUX, PM. 4行すべてを1つのプロットに配置するにはどうすればよいですか?

一連の環境変数 (envvar) に関して、食事組成データ (prey.counts) に対して正規対応分析を実行しようとしています。すべての行とすべての列の合計が 0 より大きくなりますが、次のエラー メッセージが表示され続けます。

NAまたは空の列/行のprey.countsデータフレームをダブルおよびトリプルチェックしましたが、それらの合計がゼロになるか、値が欠落していません。R、RStudio、およびすべてのパッケージは完全に最新です。どんな助けでも大歓迎です！

メレディス

ビーガンを使用して、R で rda を実行したいと考えています。

私のコードは次のようになります。

エラーメッセージが表示されます：

データをチェックすると、次のようになります。

私のデータセットには NA または空白はありません。しかし、種のデータ セットに問題があるようです。種を含む新しいデータセットをコンパイルしましたが、同じ問題が再び発生します。何か案は？