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r - ビーガン NA 値は、na.rm = T であっても、envfit を破っています。投稿の例の画像
このような NMDS チャートに envfit 矢印を重ねようとしています (欠損値を偽の数値に置き換える場合):
ただし、実際のデータでは、矢印は表示されませんが、次のように各ポイントに個別にラベルが付けられます。
任意の提案をいただければ幸いです。
データ：
r - CCA 出力の問題
だから助けていただければ幸いです！
私はすでに、7 つのサイト、約 15 の種、および 6 つの環境変数を示す CCA プロットを完成させました。ただし、制約のない軸が 0 であり、軸の重要性を確認するために CCA の結果で ANOVA を完了できないと言っています。また、関数を使用しspenvcorて環境と種の相関関係を確認しようとしましたが、すべての軸で 1 が得られました。
だから私は間違いなく何か間違ったことをしていますが、何がわからないのですか？これが私のコードです：
r - cca vegan の出力を解釈する方法
vegan パッケージを使用して R で正規対応分析を実行しましたが、出力を理解するのが非常に難しいと思います。トリプロットは理解できますが、要約 (cca) から取得したすべての数値は私を混乱させます (私は序列法について学び始めたばかりなので) X (この場合は環境変数) と、このモデルで重要な独立変数はどれですか?
私の出力は次のようになります。
これらすべての数値のうち、私の分析にとって重要なのはどれですか? /アンナ
r - R の PCA 図の書式設定オプション - 個々の点をグループの平均値/SE に変更
私は stats.stackexchange でこの質問を試しましたが、誰かがここで試してみることを提案したので、ここに行きます:
木の健康に関するいくつかの生態学的データの、VEGAN パッケージを使用した R での PCA 分析を完了しました。合計 80 本の木 (つまり、80 の「サイト」) があり、4 つの処理カテゴリに分けられます。色分けされたポイントでプロットされたデータがあります--治療グループに応じた色。PCA バイプロットで個々のサイト/ツリーをプロットするのではなく、各グループの重心と両方の PCA 次元の SE を示す 4 つの「クロス」を持つ箱ひげ図のようなものを作成したいと思います。このような図を論文で見たことがありますが、この方法でプロットするための R スクリプトが見つからないようです。助言がありますか？(私が探しているものの例の画像をここに投稿したいのですが、私が見つけたものはすべて有料です、申し訳ありません)。
別の方法としては、サイトのスコアを取得して手動で手段と SE を見つけ、独自のプロットを作成することだと思いますが、可能であればスクリプトを見つけたいと思います。
私が実行してきたコードは本当に簡単です: