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Hellinger 変換データ (26 サンプル、3000 以上の種/OTU) との Bray-Curtis 非類似性を生成した後、MDS プロットを作成しました。次のメトリックを取得しました。

ただし、対応するシェパードのプロットは次のようになります。

これは、良い適合を達成することはできますが、BC の非類似性にはサンプル間で区別するのに十分な解像度がないように見えます。これは正しいですか？

ANOSIMでテストしたところ、次の結果が得られました。

そしてADONISは私に同じことを言った：

これは、サンプル間の違いは重要ですが、MDS の順序付けはやや誤解を招くようです。

必要に応じて、MDS の別の側面をテストしたり、この分析を変更したりするにはどうすればよいですか?

前もって感謝します！

アンドレ

私はまだ R に不慣れで、通常のプロット関数を使用して R で簡単にプロットできるライブラリ vegan の使用方法を学ぼうとしています。ggplot でデータをプロットしたいときに問題が発生します。作成したリストから適切なデータを抽出する必要があることはわかっていますが、どのデータをどのように抽出するのでしょうか? 私が練習してきたデータセットは、ここからダウンロードできますhttps://drive.google.com/file/d/0B1PQGov60aoudVR3dVZBX1VKaHc/view?usp=sharing データを変換するために使用したコードは次のとおりです。

これにより、基本的な「プロット」および「バイプロット」関数を使用してプロットできるリストが得られますが、ggplot で PCA とバイプロットの両方をプロットする方法について途方に暮れています。また、性別などのグループごとにデータポイントを色付けしたいと思います。どんな助けでも素晴らしいでしょう。

私は次のコードを使用して多様性を判断しており（ビーガンパッケージを使用）、うまくいっています。ビーガンを使用して多様性を計算するには、種ごとのサイトのみでデータフレームを作成する必要があります。次に、多様性を計算し、dplyr の mutate を使用して、多様性メトリックである元のデータフレームに新しい列を作成できるようにします。

私の問題は、要約されたデータセットを使用してこの分析を再度実行しようとしたことです。変更しようとすると、エラーがポップアップ表示されます。

エラー: mutate でサイズのベクトルを複製できません

H.protists と H.protists.sum の違いを見ると、H. protists は名前付きの num 値であるのに対し、H.protists.sum は単なる num 値であることがわかります。それぞれのヘッダーは次のとおりです。

これがエラー メッセージが表示される理由だと思いますが、修正方法がわかりません。ヘルプ？

vegan パッケージの関数を使用して、betadisper()多変量分散を生成し、それらのデータを PCoA にプロットしました。この例では、単一の種の性別の違いを調べます。

元データを読み込みます。私たちの目的では、これはここで合法的に何でもかまいません。私が使用しているデータは特別なものではありません。その機能測定値は、生物音響データセットからのものです。私は自分のプロセスを歩いています：

以前の調査に基づいて、教師なしの randomForest を使用して、元の特徴測定値内の類似性を判断しました。

次に、近接行列を使用してインデックスが生成されました。

vegan パッケージを使用して、結果のインデックスに対して順列 MANOVA が実行されました。pMANOVA の使用は十分に研究されており、私の目的にとって正しいテストです。

my_original_data には、性別、年齢、バリアントという定性的な要因がありました。それらを抽出することもできましたが、元のデータセット内に保持する方がきれいに見えました。

いくつかの均一性テストを実行した後、多変量分散をプロットしたいと思います。これを行うために、私は betadisper 関数を使用しています:

それはこの美しさをプロットします：

重心に男性と女性のラベルを付けるにはどうすればよいですか? バリアント カテゴリについてもこのプロットを実行したいのですが、これには 2 つではなく 5 つの要因があるため、実際にラベル付けする必要があります。

これの変種を見たことがboxplot()ありますが、PCoA がクラスタリングを示す方法も気に入っています。

サイトのリストの種の豊富さと混沌を計算しようとしています。ただし、次のエラー メッセージが表示され続けます。

エラーメッセージが何を意味しようとしているのか完全にはわかりません。Specpool は、サイト カテゴリを使用する場合ではなく、国の値を検索しようとする場合 (たとえば) に同じデータセットを使用します。

必要に応じてデータセットを作成できます。

誰でもアイデアはありますか？