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私のRDAトリプロットでは、「サイト」、「種」、および私の場合はフィールドとTrtであるそれらの制約を表示したいと思います。問題は、制約のすべてのレベルがプロットに表示されないことです。各要因には 2 つのレベルがあります。

私のRDAコードは次のとおりです。

私は新しい R ユーザーなので、無知であることをあらかじめお詫びします。私は、ストリーム大型無脊椎動物データのコミュニティ マトリックスを持っています (行見出しとしてのプロットと列見出しとしての種)。プロットごとに 500 人にデータを絞り込み、これを 1000 回実行してから、ストリームの健全性の指標 (% EPT など) を計算します。この時点で、データを 1000 回 (または 10 回) 希薄化するループを構築することに成功していません。私のコミュニティマトリックスには100種以上があるため、単純化されたデータセット（6種、12プロット）を使用して適切なコードを見つけています。適切なコードを開発するためのテンプレートとして、この Web サイト (http://ichthyology.usm.edu/courses/multivariate/diversity.R) を使用しています。このコードについてご協力いただきありがとうございます。

6種、12プロットの私のマトリックス

ビーガン パッケージを使用してこのデータ セットを 1 回実行できrarefyますが、これを繰り返し実行したいと考えています。

しかし、これをループとして10回実行しようとするとうまくいきません

かなりの数のゼロを含む種の豊富なデータセットがあり、プログラムに設定trymax = 1000してもmetaMDS()、ストレスの安定した解決策を見つけることができません。私はすでにデータを結合しようとしました（ゼロの数を減らすために複数年を一緒に折りたたむ）、そして私はこれ以上できません。誰かが知っているかどうか疑問に思っていました-最後にRが私に与えるもの（1000のソリューションの最低）を選ぶことは科学的に有効ですか、それとも安定した場所を見つけることができないのでNMDSを使用すべきではありませんか？インターネット上にはこれに関する情報はほとんどないようです。

混合データ（因数分解、順序付け、数値）である環境データセットがあります。rda()関数に次のエントリ メソッドを使用したいと思います。

ただし、この方法で 3 つのデータ フレームすべてを入力すると、それらは行列である必要があります。制約付きまたは条件付きのデータ フレームを行列に変換したくありません。それらのデータを因数分解して並べ替えたからです。それらを正しい形式で入力するために私が見つけた他の唯一の方法は、それらをすべてのベクトルに個別に分解することでした. これは、手動で行っている場合は機能しますが、いくつかの条件付きおよび制約付きのデータ フレームを反復処理する必要があります。誰にもアイデアはありますか？

例：

これは私がやりたいことですが、実行するには時間がかかり、データのセットを反復するコードを書くのは非常に困難です

制約付き変数を 1 つのデータ フレームに配置し、条件付き変数を別のデータ フレームに配置できるので、これが可能であれば素晴らしいことですが、それらは行列である必要があり、順序変数と因子変数が台無しになります。

助けてくれてどうもありがとう

ロブ

ビーガンとggplot2で作成したNMDSプロットの完成に取り組んでいますが、プロットにenvfit種ローディングベクトルを追加する方法がわかりません。私がしようとすると、「無効なグラフィック状態」と表示されます。

以下の例は、別の質問（ビーガンパッケージからのordiellipse関数をggplot2で作成されたNMDSプロットにプロットする）から少し変更されていますが、最初にmetaMDSをggplot2に取り込むためにこの質問を使用したため、含めたい例を正確に表しています。

機能に問題がありvegdistます。jaccardで距離行列を計算したい。バイナリデータがあります。

問題は、138037 行 (サイト) と 89 列 (種) のマトリックスがあることです。私のスクリプトは次のとおりです。

またはより再現可能：

ほとんどすぐにエラーが発生します。

これはメモリ エラーだと思いますが、32 GB の RAM と 1 テラの HDD を搭載した PC を使用している場合、その理由がわかりません。

distまた、パッケージ プロキシの関数を使用して dist マトリックスを実行しようとしています。

実行を開始しますが、RAM が 10 GB に達すると、R がエラーをコミットしたことをウィンドウが通知し、ウィンドウが閉じられるため、閉じて新しいセクションを開始します。

私は本当に何が起こっているのかわからず、これを解決する方法も知りません。誰か助けてもらえますか?

pvalue私は最近、この論文「ネットワーク分析を使用して土壌微生物群集の共起パターンを調査する」で採用されている共起分析の計算に、ヌルモデル法の下でチェッカーボードスコアを追跡したいと思います。

残念ながら、ビーガンパッケージのコマンドと引数の使用法はこの論文では十分に説明されていませんでした。

ヌルモデルでのチェッカーボードスコアに基づいてこのような共起分析を行うには、Rにビーガンパッケージの専門家が必要だと思います。

Rのヌルモデルの下でCスコアを計算するために使用する必要があるスクリプトまたはコマンドと引数を手伝ってくれる人はいますか？

このCスコアのことでpvalue、共起を示すために使用できるマトリックスが返されますか？

を使用してキャップスケール序列からベクトルをプロットしたいと思いVEGANます。このコマンドには慣れていdisplay ="bp"ますが、これにより、サイト ポイントによって隠されているラベルが追加されます。これらを削除する簡単な方法はありますか? 後でそれらを追加できてうれしいです。つまり、一度エクスポートして、出版用にワード内に追加します。

これまでの私のコードは次のとおりです。

助けていただければ幸いです

この質問の下部に示されているようなプロットを作成しようとしています: Adding ellipses to a principal component analysis (PCA) plot . ただし、ここに示すようggplotに関数ordiellipse()自体を変更することには慣れていません。

したがって、引数を使用してみshow.groupsましordiellipse()たが、この引数に自分が望むものを伝える方法がわかりません。

約 418 種の個体数データを含む 83 のサイトを含むテーブルを分析しています。関数を使用して DCA を実行decorana()し、データの希少種をダウンウェイトしました。その後、平均エレンベルグ指標値を序列に当てはめています。

これは、点として示される 83 個のプロットすべてとテキストとしてのプロット番号を使用してHabitat、ダイアグラムで視覚化する必要がある要因です。ordiellipse()生息地は、次の 9 つのカテゴリで構成されています。

それらの周りに楕円を描くことなく、それらに色を付けてラベルを付けることができました：

しかし、9 つの楕円に標準以外の線種を割り当てるだけでなく、さまざまな線種show.groupsに色を付ける方法を引数に伝えるにはどうすればよいでしょうか。Habitat

これまでのところ、次を使用してこのプロットを思いつきました。

しかし、追加したにもかかわらず、プロットなしで楕円のみを表示するため、かなりとらえどころのないものdisplay="site"です。また、重なっているために、どれがどれであるかを確認するのは困難です。したがって、生息地の種類ごとに異なる色を付けることは素晴らしいことです。

私の DCA 叙階データの抜粋が必要な場合は、次のとおりです。

次のように、「vegan」パッケージを使用して NMDS プロットを作成しました。

今、私はこの NMDS を持っており、ポイントが十分に広がっています。ただし、プロットのグラフィックを追加したいと思います。2 つの値 (1 または 2) を持つデータセットのカテゴリ変数 (変数は「レジオ」と呼ばれます) に応じて、プロット内のポイントに異なる色を付けたいと思います。

これは可能ですか？もしそうなら、どのように？

ベスト、コーエン