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r - ビーガンでプロクラステスの回転のためのggplot2
ggplot2 を使用してビーガンによって取得された RDA オブジェクト間の procrustes 回転をプロットしたいと考えています。
クラス「procrustes」のリストからx、y座標を抽出し、「dates」という要素を追加しました。
今基本的なプロット：
私ができない部分は、テストとテストの対応する各ポイント間の小さな線のプロットです.2 ビーガンは、接続されたポイントではなく矢印でこれらの回転をプロットします. ただし、ビーガンはサンプリンググループ/要因に応じて色を付ける方法を知りません。これは私にとって重要です. ggplot に矢印があると非常に便利です。引数「矢印」を持つ geom_segment があることはわかっています。
私たちを手伝ってくれますか？
pro.test の出力は以下です。
r - Rを使用した正準コレスポンデンス分析における変数の重要性の定量化? (researchgate からの x-post)
私は現在、複数の湖の種の存在量データと、それらの湖のいくつかの環境変数の測定値を持っています。ter Braak と Verdenschot (1995) で実証されているように、R でデータの正規対応分析を行うことにしました。リンクを参照してください : http://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00877430重要性"）
私はまだ R が苦手で、この記事で指定されているソフトウェア (CANOCO) にアクセスできません。私の問題は、環境変数の重要度を段階的にランク付けするために、ラムダ (これはウィルクのラムダと同じですか?) を取得し、各 CCA 制約軸でモンテカルロ置換テストを実行する必要があることです。
Rでこれを行う方法を知っている人はいますか? この分析を活用していただければ幸いです。
r - 単一オカレンスの Ordihull ラベル
ビーガンで関数 ordihull を使用して、叙階のグループをプロットしたいと思います。ただし、1 回しか出現しないサイトがいくつかあります。ordihull を使用すると、このサイトはプロットに表示されません。以下の例を参照してください。1 つのサイトのみが BF を管理している場合です。欲しいのは、残りの1つのBF管理サイトが叙階プロットにあるBFレーベルです。
r - NoData 値を持つ R の UPGMA クラスター
サイトのマトリックスがあります。UPGMA 凝集クラスターを開発したいと考えています。そのために R とビーガン ライブラリを使用したいと考えています。私のマトリックスには、すべての変数が測定されたわけではないサイトがあります。
同様のデータ マトリックスに従います。
私は次のコードでそれを行う予定です：
2 行目を実行すると、次のエラーが表示されます。
私はRに詳しくないので、これがデータのないセルによるものかどうかはわかりません。どうすればこれを解決できますか?
r - R ggplot で cca プロットを視覚化する - 間違った矢印の長さ
Vegan R パッケージで実行される CCA プロットをカスタマイズしようとしています。この分析を実行するために、底生被覆マトリックス (%) と魚の存在量マトリックス (個体数) を使用しました。2 年間で 4 つのサンゴ礁でデータを収集しました。サイトのドットをさまざまな色 (サンゴ礁のサイトの場合) と形 (年)、魚種をテキスト、ベントスを矢印で表示したいと考えています。ggplot でほぼ手動で実行しましたが、矢印の長さが間違っているようです。私のプロットを「autoplot」および「plot.cca」で生成されたプロットと比較すると、矢印が短すぎます。私の質問は、どうすればこの問題を解決できますか?
このリンクから「benthos」と「fish」のデータフレームをコピーしてください: http://pedromeirelles.com.br/blog )。図 (ggvegan、cca.plot、ggplot) もこのリンクにあります。ここではまだ画像を公開できません。データフレームが大きすぎます。この不便をおかけして申し訳ありません。
事前にどうもありがとうございました。
以下は、プロットを描くために使用したスクリプトです。
ggplot 手動描画
ggvegen オートプロット
プロット.cca
データ プロット入力の違いを見つけることができませんでした
r - サンプルテーブルごとに種/個体の数を作成しますか?
R の data.frame (以下の例) として巨大な豊富なマトリックスがあり、そこから、存在する種の数 (Otu00001、および複数の属性シーケンスを持つ Otus) と属性シーケンスの数を含む単純なテーブルを出力したいと考えています。各サンプル (各行、ALG(...)) の (個人、そのサンプルの各 Otu 内の数値)。
その後、下表（SCIE_NAME）のサンプル（行名）を平均化します。
サンプルが対応するカテゴリの表を次に示します。
私が調査したところ、veganそのような直接のコマンドはありません。助けてもらえますか?
私の考えは、次のようなものを取得するテーブルを取得することです。
助けてくれてありがとう！
アンドレ
r - Rでrarecurve()を使用中にエラーが発生しました
コミュニティ データで vegan::rarecurve を使用しています。
残念ながら、エラーが発生しており、修正方法がわかりません。
seq.default(1, tot[i], by = step) のエラー: 'by' 引数の符号が間違っています
私は試した
無駄に。
私はすでに tabasco() グラフを生成し、データ フレームに対してウィスコンシン標準化を問題なく実行しました。